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Researchers should cite this work as follows:
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (2017). Filogenia molecular para especies de dieciséis parcelas de bosque seco tropical generada a partir de la megafilogenia disponible en Phylomatic y la lista de especies. 448 registros, aportados por: González, M. (Contacto del recurso, Proveedor de metadatos), González, M. (Creador del recurso). Versión 1.0. http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=filogenia_bs_plantae_2017
Keywords
phylomatic; bosque seco tropical; filogenia; Other
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Geographic Coverage
La filogenia se construyó para las 16 parcelas permanentes que ha establecido el Instituto Humboldt, en las 5 regiones en donde se ha evidenciado la presencia de bosque seco tropical, comprende la región Caribe, los valles interandinos delos ríos Cauca y Magdalena, el Patía (Nariño y Cauca) y los llanos (Arauca, Casanare, Meta y Vichada).
| Bounding Coordinates | South West [2.9, -77.06], North East [11.04, -67.2] |
|---|
Taxonomic Coverage
Se construyó la filogenia para 448 especies de plantas vasculares de 16 parcelas de bosque seco tropical generada a partir de la megafilogenia disponible en Phylomatic (http://phylodiversity.net/phylomatic/).
| Kingdom | Plantae |
|---|
Temporal Coverage
| Start Date / End Date | 2017-03-01 / 2017-07-07 |
|---|
Project Data
No Description available
| Title | Laboratorio de genética de la conservación |
|---|---|
| Funding | Contrato N° 17-17-069-019OS |
| Study Area Description | El área del proyecto abarca las 5 regiones en donde se ha evidenciado la presencia de bosque seco tropical, comprende la región Caribe, los valles interandinos delos ríos Cauca y Magdalena, el Patía (Nariño y Cauca) y los llanos (Arauca, Casanare, Meta y Vichada). |
| Design Description | Para el avance en la investigación de la diversidad filogenética en ecosistemas estratégicos en el territorio nacional, como los bosques, el enfoque de genética de la conservación del programa de Ciencias de la Biodiversidad se requiere un análisis filogenético para las comunidades de bosque seco tropical presentes en las 16 parcelas permanentes establecidas por el instituto Humboldt, como referente de una base de análisis de diversidad filogenética. |
The personnel involved in the project:
Sampling Methods
Se seleccionaron las 448 especies que se encuentran conformando las comunidades de las 16 parcelas
| Study Extent | El área del proyecto abarca las 16 parcelas permanentes Caparrapi, Cardonal loma, Cardonal plana, Colorados, Cotove, Jabirú, Macuira, Matitas, Plato, Tambor, Tame, Tamesis, Taminango, Tayrona, Tuparro y Vinculo, que se encuentran localizadas en las 5 regiones en donde se ha evidenciado presencia de bosque seco tropical, comprende la región Caribe, los valles interandinos delos ríos Cauca y Magdalena, el Patía (Nariño y Cauca) y los llanos (Arauca, Casanare, Meta y Vichada) |
|---|
Method step description:
- Phylomatic (http://phylodiversity.net/phylomatic/) (Webb and Donoghue, 2005), es una herramienta en línea, en donde se puede realizar la construcción de filogenias si no se cuanta con datos moleculares, sólo se requiere del listado de las especies presentes en las comunidades de estudio, este listado debe ingresarse de la siguiente manera: Famlia/género/género_epiteto, una vez cargada el listado, se envía y el programa retornará una filogenia en formato .Newick, que podrá visualizarse en el programa FigTree. Para calibrar la filogenia se debe abrir la consola de comandos básicos CMD en Windows y el Terminal si se usa Linux, y se escribe el siguiente comando: phylocom bladj > output_tree.new. Este retorna una filogenia en formato newick, calibrada, previamente se debe crear un archivo al que se le dará el nombre de “age”, en donde se encuentran las edades para las diferentes familias, este archivo se creó a partir de las edades de datación secundaria tomadas de Magallón (2015).
Bibliographic Citations
- Webb, C.O., & M.J. Donoghue. 2005. Phylomatic: tree assembly for applied phylogenetics. Molecular Ecology Notes 5:181–183 doi: 10.1111/j.1471-8286.2004.00829.x
- Magallón, S., S., Gómez-Acevedo, L.L., Sánchez-Reyes & T, Hernández-Hernández. 2015. A metacalibrated time-tree documents the early rise of flowering plant phylogenetic diversity. New Phytologist 207(2):437-53 doi: 10.1111/nph.13264
Additional Metadata
Se adiciona la filogenia en formato .nexus para las especies de 16 parcelas de bosque seco tropical generada a partir de la megafilogenia disponible en Phylomatic (phylodiversity.net/phylomatic/).
| Purpose | Edición de secuencias genéticas y construcción de filogenias de las especies de Bosque Seco Tropical provenientes de parcelas permanentes, definidas por el supervisor del contrato. |
|---|---|
| Alternative Identifiers | http://i2d.humboldt.org.co/resource?r=filogenia_bs_plantae_2017 |