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Data Records
The data in this occurrence resource has been published as a Darwin Core Archive (DwC-A), which is a standardized format for sharing biodiversity data as a set of one or more data tables. The core data table contains 99 records.
1 extension data tables also exist. An extension record supplies extra information about a core record. The number of records in each extension data table is illustrated below.
- Occurrence (core)
- ResourceRelationship
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How to cite
Researchers should cite this work as follows:
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (2017).Secuencias de plantas de seis parcelas permanentes de Bosque Seco Tropical en Colombia. 99 registros, aportados por: González, M. (Contacto del recurso, Proveedor de metadatos), González, M. (Creador del recurso). Versión 1.0. http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=rrbb_bs_plantae_sec_2017
Keywords
Bosque seco tropical; parcelas permanentes; cídigos de barra de ADN; rbcL; ITS; filogenias moleculares; Specimen; Occurrence
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Geographic Coverage
Las secuencias editadas se generaron de ADN (extraído de tejidos de hojas) que se encuentra preservado en el laboratorio de biología de la conservación del Instituto de Investigaciones Alexander von Humboldt, estos tejidos corresponden a las comunidades de especies de seis parcelas permanentes de Bosque Seco Tropical en Colombia. En total son 92 secuencias del gen cloroplastidio de rbcL y 26 secuencias del gen nuclear ITS.
| Bounding Coordinates | South West [1.674, -77.308], North East [11.338, -67.855] |
|---|
Taxonomic Coverage
Incluye 92 secuencias para rbcL y 26 para ITS, correspondientes a 40 familias, 77 géneros y 98 especies
| Genus | Ampelocera sp. 1, Coccoloba sp. 2, Coursetia sp., Cupania sp. 1, Daphnopsis sp., Diospyros sp. 2, Elaeoluma sp., Enterolobium sp. 1, Guapira sp. 1, Inga sp., Jacquinia sp. 2, Machaerium sp. 1, Machaerium sp. 1, Matayba sp., Morisonia sp. 1, Neea sp. 2, Ouratea sp., Petrea sp., Piptadenia sp., Platymiscium sp., Pouteria sp, Ruprechtia sp., Vachellia sp., Verbesina sp. |
|---|---|
| Species | Achatocarpus nigricans, Amyris pinnata, Annona muricata, Aralia excelsa, Aspidosperma cuspa, Aspidosperma polyneuron, Astronium graveolens, Brosimum alicastrum, Brosimum guianense, Bunchosia pseudonitida, Calliandra magdalenae, Casearia aculeata, Celtis iguanaea, Citharexylum kunthianum, Clarisia racemosa, Clusia umbellata, Connarus ruber, Coursetia ferruginea, Croton gossypiifolius, Cynophalla flexuosa, Cynophalla linearis, Cynophalla polyantha, Duguetia odorata, Enterolobium cyclocarpum, Erythroxylum jaimei, Erythroxylum macrophyllum, Erythroxylum ulei, Eschweilera tenuifolia, Eugenia monticola, Eugenia procera, Ficus americana, Ficus trigona, Genipa americana, Gliricidia sepium, Gustavia augusta, Haematoxylum brasiletto, Handroanthus barbatus, Handroanthus billbergii, Handroanthus chrysanthus, Himatanthus articulatus, Inga laurina, Leucaena leucocephala, Licania apetala, Licania parvifructa, Lindackeria paludosa, Mabea trianae, Machaerium biovulatum, Machaerium capote, Ocotea veraguensis, Paullinia globosa, Pisonia aculeata, Pithecellobium dulce, Platymiscium pinnatum, Pseudobombax septenatum, Pseudosamanea guachapele, Quadrella indica, Rudgea crassiloba, Sapindus saponaria, Senna spectabilis, Simira rubescens, Swartzia trianae, Tachigali guianensis, Terminalia amazonia, Trichilia carinata, Urera simplex, Vachellia farnesiana, Vitex orinocensis, Vochysia vismiifolia, Xylosma intermedia, Zanthoxylum schreberi, Zanthoxylum verrucosum |
Temporal Coverage
| Start Date / End Date | 2014-02-08 / 2015-11-07 |
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Project Data
No Description available
| Title | Laboratorio de genética de la conservación |
|---|---|
| Funding | Contrato N° 17-17-069-019OS |
| Study Area Description | El área actual del proyecto abarca 6 Departamentos: Vichada, Nariño, Valle del Cauca, Tolima, Cundinamarca y Antioquia. |
| Design Description | Para el avance en la investigación de la diversidad filogenética en ecosistemas estratégicos en el territorio nacional, como los bosques, el enfoque de genética de la conservación del programa de Ciencias de la Biodiversidad ha generado secuencias en diferentes grupos taxonómicos, dicha información se ha colectado bajo diferentes proyectos y preguntas de investigación y es necesario editarla y depositarla en las bases de referencia de códigos de barra de ADN que coordina el instituto Humboldt. |
The personnel involved in the project:
Sampling Methods
Se priorizaron las especies correspondientes a seis parcelas de bosque seco tropical, las secuencias se obtuvieron a partir del ADN que se encuentra conservado en el laboratorio de genética de la conservación del Instituto de Investigaciones Alexander von Humboldt.
| Study Extent | El área de estudio corresponde a seis parcelas permanentes de 1 ha, 1. Tuparro (Vichada) Y 2.Taminango (Nariño) se establecieron en el 2014, y las parcelas de 3. Cotove (Antioquia), 4. El Vínculo (Valle del Cauca), 5. jabirú (Tolima) y 6. Matitas localizada en la Guajira, establecida bajo el proyecto del Inventario Forestal Nacional (IFN) |
|---|
Method step description:
- Las secuencias fueron editadas en el programa Geneious v. 9.0, posteriormente se creó el proyecto BSTIH en la plataforma de BOLDSYSTEM (Barcode of lofe data system - http://v4.boldsystems.org), en donde se procedió a cargar las bases de datos de correspondiente a la información de las 99 secuencias editadas y las originales (no editadas).
Collection Data
| Collection Name | Herbario Federico Medem Bogotá |
|---|---|
| Collection Identifier | FMB |
| Parent Collection Identifier | NA |
| Specimen preservation methods | Dried and pressed |
|---|
Additional Metadata
Filogenia en formato nexus
| Purpose | Edición de secuencias genéticas y construcción de filogenias de las especies de Bosque Seco Tropical provenientes de parcelas permanentes, definidas por el supervisor del contrato. |
|---|---|
| Alternative Identifiers | http://i2d.humboldt.org.co/resource?r=rrbb_bs_plantae_sec_2017 |