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Researchers should cite this work as follows:
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (2016). Códigos de barras de ADN de los marcadores Rbcl, ITS, trnh y trnl de plantas colectadas en el pacífico Colombiano. 150 registros, aportados por: González, M. (Contacto del recurso, Autor), Mendoza, A. (Creador del recurso, Autor), Cárdenas, G. (Proveedor de metadatos, creador del recurso). Version 2.0. http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=secuencias_plantae_2016
Keywords
códigos de barra de la vida; ADN; secuencia; Rbcl; ITS; trn-L; trn-H; plantas; Bold; Specimen; Occurrence
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Geographic Coverage
Los tejidos utilizados provienen de muestras de plantas colectadas en 4 localidades del Pacífico Colombiano: Bahía Málaga, Mutata, Pie de Pepe, y Cajambre, ubicadas en los departamentos de Valle del Cauca, Antioquia, Chocó y Valle del Cauca, respectivamente. Estas localidades fueron visitadas como parte del proyecto Bioredd.
| Bounding Coordinates | South West [1.55, -78.82], North East [7.61, -75.78] |
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Taxonomic Coverage
Las secuencias cubren 150 registros de 18 órdenes de plantas de los phylum Magnoliophyta y Cycadophyta. Apiales (1 especie y especímen), Aquifoliales (1 especie y especímen), Arecales (1 especie y especímen), Cycadales (1 especie, 2 especímenes), Ericales (14 especies, 17 especímenes), Fabales (14 especies, 18 especímenes), Gentianales (5 especies, 6 especímenes), Lamiales (1 especie y espécimen), Laurales (4 especies, 5 especímenes), Magnoliales (12 especies, 13 especímenes), Malpighiales (29 especies, 40 especímenes), Malvales (8 especies, 13 especímenes), Myrtales (6 especies, 8 especímenes), Oxalidales (1 especie y espécimen), Rosales (11 especies, 13 especímenes), Santalales (1 especie y espécimen), Sapindales (8 especies y especímenes), Solanales (1 especie y espécimen).
| Phylum | Magnoliophyta, Cycadophyta |
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Temporal Coverage
| Start Date / End Date | 2014-07-01 / 2015-02-26 |
|---|
Project Data
No Description available
| Title | Obtención de información genética de especies vegetales del Pacífico colombiano |
|---|---|
| Funding | Contrato Nº. 16-16-0081-047PS Proyecto Bioredd+ |
| Study Area Description | Pacífico Colombiano. Valle del cauca, Antioquia, Chocó |
| Design Description | El objetivo del proyecto fue generar indicadores de diversidad filogenética en plantas de cuatro localidades del pacífico colombiano. |
The personnel involved in the project:
Sampling Methods
Los tejidos utilizados fueron colectados en bolsas de papel y preservados en sílice gel bajo el proyecto Bioredd.
| Study Extent | Las secuencias de ADN corresponden a especímenes de plantas colectadas en el pacífico colombiano en los departamentos de Valle del Cauca, Chocó y Antioquia. |
|---|---|
| Quality Control | Las secuencias fueron limpiadas usando el software Geneious y solo se guardaron las secuencias que tenían mínimo un cromatograma de calidad media o alta. |
Method step description:
- Primero se realizó la extracción de ADN: Esto se llevó a cabo siguiendo dos metodologías. La publicada por Ivannova et al 2008 y el kit comercial de Qiagen. Posterior a la extracción de ADN se realizó la amplificación de los códigos de barras que correspondieron a los genes Rbcl, ITS, trnl y trnh. La amplificación se realizó usando protocolos y cebadores estándar para códigos de barras de plantas. (Cebadores ITS-17f/ITS-26r, TrnL-c/TrnL-d, trnH-psbA-3f/ trnH-psbA-f, Rbcl3f/Rbclr724). Una vez obtenidos los productos de la amplificación se realizó una purificación de los mismos usando un kit comercial (FastAP-EXO) y posteriormente se envió a secuenciación. La secuenciación se realizó mediante metodología Sanger en la la empresa Macrogen, Corea. Una vez obtenidas las secuencias se limpiaron y ensamblaron usando el programa Geneious
Collection Data
| Collection Name | Herbario Federico Meden Bogotá, Colección de Tejidos del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt |
|---|---|
| Collection Identifier | FMB, CT-IAvH |
| Parent Collection Identifier | IAvH |
| Specimen preservation methods | Dried and pressed |
|---|
Additional Metadata
Asociado al recurso, se incorporó dentro de la Infraestructura Institucional de Datos del Instituto Humboldt, las secuencias en formato fasta y ficha metodológica.
| Purpose | Prestar los servicios profesionales para organizar, procesar y editar secuencias genéticas en el marco de los proyectos adelantados por el Laboratorio de Genética de la Conservación del Instituto Humboldt, identificados en el presente documento. Lo anterior de conformidad con los términos de referencia, los cuales hacen parte integral del presente contrato. |
|---|---|
| Alternative Identifiers | http://i2d.humboldt.org.co/resource?r=secuencias_plantae_2016 |