Filogenia de reptiles (Crocodylia, Testudines y Squamata) presentes en Colombia a partir de información secundaria

Ángela María Suárez-Mayorga1, Ángela María Suárez-Mayorga2, Infraestructura Institucional de Datos3, Mailyn Adriana González3, Andrea Paz Vélez3

1 Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt, Bogotá, D.C., Colombia; 2 Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt, Bogotá, D.C., Colombia; 3 Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt, Cll 28A No. 15 - 09, Bogotá, D.C., Colombia

Corresponding author(s): Ángela María Suárez-Mayorga (angela.suarezmayorga@gmail.com)

Received {date}; Revised {date}; Accepted {date}; Published {date}

Citation: Combination of authors, year of data paper publication (in parentheses), Title, Journal Name, Volume, Issue number (in parentheses), and doi of the data paper.

Resource Citation

Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (2014). Filogenia de reptiles (Crocodylia, Testudines y Squamata) presentes en Colombia a partir de información secundaria. 426 registros, aportados por: González, M. (Contacto del recurso), Suárez, A. (Creador del recurso, Proveedor de metadatos). Versión 6.0. http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=colombia_reptiles_is_2014 http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=colombia_reptiles_is_2014

Abstract

I2D-BIO_2014_IN044. Los datos aquí incorporados hacen parte del proceso de delimitación y caracterización de páramos y humedales de Colombia en escalas detalladas, según el convenio suscrito entre el Fondo Nacional de Adaptación y el Instituto Alexander von Humboldt. Con este trabajo se busca conocer las especies de reptiles presentes en el país de acuerdo con el listado de Uetz & Hosek (2014), identificar su posición en un árbol filogenético de base (Wills 2009 para Crocodylia, Guillon 2012 para Testudines,  y Pyron et al. 2013 para Squamata) y describir sus relaciones de parentesco a partir del ensamblaje manual de tres topologías una para cada orden de reptiles. El ensamblaje de tres filogenias en lugar de una sola para reptiles fue necesario porque aún subsisten dudas en la posición filogenética de Testudines dependiendo de la fuente: una corriente de pensamiento las ubica basalmente, y otra las ubica al lado de Archosauria, cercanas a los cocodrilos (véase por ejemplo Hedges 2012). En total fueron 426 registros.

Keywords: evolución, sistemática, taxonomía, lagartos, serpientes, tortugas, cocodrilos, evolution, phylogeny, systematics, crocodyles, snakes, amphisbaenids, lizards, turtles, Other, Other

General description

Purpose: Realizar el análisis y síntesis de información filogenética, sistemática y evolutiva de especies de anfibios y reptiles de los humedales de Colombia, como insumo técnico para la delimitación de humedales del país. Lo anterior de conformidad con los términos de referencia, lo cuales hacen parte integral del presente contrato.
Additional information: Asociado al recurso, se incorporó dentro de la Infraestructura Institucional de Datos del Instituto Humboldt, un informe finaly y una base de datos bibliográfica en base de datos bibliográfica .ris.

Project details

Project title: Fondo Adaptación_Insumos para la Delimitación de Ecosistemas Estratégicos: Páramos y Humedales
Personnel: Mailyn González
Funding: Fondo Nacional de Adaptación, convenio con el Instituto Alexander von Humboldt. Contrato No. 13-13-014-333 PS entre el Instituto Alexander von Humboldt y Ángela M. Suárez-Mayorga
Study area descriptions/descriptor: Territorio continental, insular y marino de Colombia
Design description: Generar insumos para la Delimitación de Ecosistemas Estratégicos: Páramos y Humedales

Data published through GBIF: http://i2d.humboldt.org.co/resource?r=colombia_reptiles_is_2014

Taxonomic coverage

General taxonomic coverage description: Las tres filogenias ensambladas contienen información de 14 especies, 5 géneros y 2 familias de Crocodylia, 38 especies, 23 géneros y 8 familias de Testudines y 353 especies, 112 géneros y 33 familias para Squamata
Taxonomic ranks
Order: Testudines, Crocodylia, Squamata
Family: Gymnophthalmidae, Dactyloidae, Dipsadidae, Corytophanidae, Alligatoridae, Boidae, Chelidae, Chelydridae, Crocodylidae, Elapidae, Emydidae, Geoemydidae, Iguanidae, Kinosternidae, Podocnemididae, Tropiduridae, Cheloniidae, Testudinidae, Gekkonidae, Sphaerodactylidae, Scincidae, Teiidae, Amphisbaenidae, Lacertidae, Anguidae, Varanidae, Chamaleonidae, Agamidae, Phrynosomatidae, Polychrotidae, Hoplocercidae, Hopluridae, Liolaemidae, Anomalepididae, Leptotyphlopidae, Typhlopidae, Gerropiliidae, Xenotyphlopidae, Xenodermatidae, Viperidae, Hydrophiidae, Colubridae
Genus: Crocodylus, Gavialis, Caiman, Melanosuchus, Paleosuchus, Chelus, Mesoclemmys, Phrynops, Platemys, Rhinemys, Chelydra, Trachemys, Rhinoclemmys, Chelonia, Lepidochelys, Pelusios, Kinosternon, Peltocephalus, Podocnemys, Erymnochelys, Chelodina, Dermochelis, Natator, Eretmochelys, Caretta, Chelonoidis, Aristelliger, Basiliscus, Anolis, Anadia, Cercosaura, Riama, Tretioscincus, Iguana, Chatogekko, Lepidoblepharis, Gonatodes, Pseudogonatodes, Sphaerodactylus, Thecadactylus, Phyllodactylus, Lepidodactylus, Hemidactylus, Alinea, Marisora, Tupinambis, Crocodilurus, Dracaena, Ameiva, Kentropyx, Holcosus, Cnemidophorus, Ptychoglossus, Alopoglossus, Arthrosaura, Leposoma, Neusticurus, Pholidobolus, Potamites, Bachia, Iphisa, Gymnophthalmus, Amphisbaena, Mesobaena, Diploglossus, Uranoscodon, Uracentron, Plica, Stenocercus, Tropidurus, Polychrus, Morunasaurus, Enyalioides, Liotyphlops, Epictia, Trilepida, Amerotyphlops, Anilius, Trachyboa, Ungaliophis, Boa, Corallus, Epicrates, Eunectes, Prothidium, Bothrocophias, Bothropoides, Bothrops, Lachesis, Bothriechis, Crotalus, Scaphiodontophis, Oxybelis, Hydrophis, Tantilla, Coluber, Chironius, Leptophis, Dendrophidion, Drymobius, Spilotes, Drymarchon, Drymoluber, Mastigodryas, Rhinobothryum, Stenorrhina, Lampropeltis, Amastridium, Coniophanes, Rhadinea, Imantodes, Hydromorphus, Ninia, Sibon, Dipsas, Plesiodipsas, Lygophis, Xenodon, Atractus, Erythrolamprus, Helicops, Leptodeira, Phimophis, Pseudoboa, Micrurus, Philodryas, Taeniophallus, Apostolepis, Pseudoeryx, Hydrops, Thamnodynastes, Xenopholis, Leptomicrurus, Siphlophis, Oxyrhopus, Clelia, Drepanoides
Common names: anolis, caimanes y cachirres, boas, anacondas, mordedoras, caimanes, cocodrilos, corales, iguanas, tapaculos, morrocoyes, geckos, salamanquejas, geckos, salamanquejas, lisas, tatacoas, camaleones, culebras ciegas, culebras ciegas, vívoras, culebras ciegas, tortugas, caimanes y cocodrilos, lagartos y serpientes, caimán, gavial, caimán, caimán, cachirre, icoteas, tapaculo, cabezón, lagarto cristo, anolis, iguana, gecko, gecko, gecko, gecko, gecko, gecko, gecko, gecko, gecko, mabuya, lisa, mabuya, lisa, tatacoa, tatacoa, boa, boa, anaconda, terreras, falsas corales, corales, terreras, falsas corales, corales, terreras, falsas corales, corales, corales

Spatial coverage

General spatial coverage: La base de datos contiene información de especies presentes en el territorio marino, continental e insular de Colombia
Coordinates: 4°12'28.8''S and 14°41'60''N Latitude; 81°43'12''W and 67°10'48''W Longitude 

Temporal coverage: December 12, 2013 - June 12, 2014

Methods

Method step description: 
- . 	1) Revisión de literatura
- . 	2) Selección de las topologías a incluir bajo los siguientes criterios: 1. Se seleccionaron las topologías de base por su nivel de completitud con respecto a especies colombianas, y sobre ellas se revisó y contabilizó el número de especies colombianas incluidas.
2. Los géneros en estas topologías fueron asumidos como monofiléticos a menos de que se presentara evidencia explícita de lo contrario. Sobre los géneros monofiléticos se incorporan las propuestas disponibles en el nivel de grupo de especie o específico.
3. En caso de que hubiera más de una topología disponible para las mismas especies, su incorporación en el ensamblaje dependió, conforme a la regla de decisión b≥a>c>d de los siguientes criterios:
a. Fecha de publicación: se prefirieron las topologías más recientes pues normalmente contenían mayor cantidad de información
b. Número de taxones colombianos incluidos: se prefirieron las topologías que incluyeran la mayor cantidad de taxones presentes en Colombia
c. Soporte: dentro de las topologías recientes que incluyeran taxones colombianos, se prefirieron las que contaran con nodos soportados en más del 80%
d. Resolución: solamente se utilizó para discriminar entre valores similares para los tres criterios anteriores
e. En general, se prefirió la topología más inclusiva en cuanto a taxones colombianos q aunque fuera menos reciente
f. Si las topologías disponibles contenían el mismo número de especies presentes en Colombia, se seleccionó la mejor soportada
g. Si no hubo diferencias evidentes en los criterios a-d, se seleccionó la topología con el criterio experto de la autora, documentando los argumentos que respaldaron la decisión
4. En caso de que hubiera topologías contrastantes para las mismas especies de interés, se reflejó la incompatibilidad a manera de politomía en la topología
- . 	3) Ensamblaje de las topologías, construcción de archivos NEXUS y de la memoria documental
Study extent description: La base de datos contiene información de especies presentes en el territorio marino, continental e insular de Colombia.
Sampling description: La metodología consistió en la búsqueda y la revisión inicial de literatura relevante en bases de datos bibliográficas, en los currículos de los investigadores colombianos trabajando en herpetología registrados en la base de datos de currículos latinoamericanos CVLac y en la base de datos Reptile Database (Uetz & Hosek 2014). A partir de la revisión (respaldada por un documento) se estableció por parte de la supervisión que era necesario construir una topología para cada orden de reptiles. A partir de la decisión, y contrastando las hipótesis filogenéticas explícitas e indicadas en el texto de más de 300 referencias consultadas, se ensamblaron las filogenias respectivas.

Metadata language: Spanish
Date of metadata creation: 2014-08-27
Hierarchy level: Dataset