Filogenia molecular para especies de dieciséis parcelas de bosque seco tropical generada a partir de la megafilogenia disponible en Phylomatic y la lista de especies

María González1, Maria González1, Maria González2, Mailyn Gonzalez2, Infraestructura Institucional de Datos3

1 Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt, Avenida Paseo Bolivar 16-20, Bogotá, D.C., Colombia; 2 Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt, Avenida Paseo Bolivar 16-20, Bogotá, D.C., Colombia; 3 Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt, Calle 28A No. 15-09, Bogotá, D.C.

Corresponding author(s): María González (mcgonzalezp@hotmail.com)

Received {date}; Revised {date}; Accepted {date}; Published {date}

Citation: Combination of authors, year of data paper publication (in parentheses), Title, Journal Name, Volume, Issue number (in parentheses), and doi of the data paper.

Resource Citation

Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (2017). Filogenia molecular para especies de dieciséis parcelas de bosque seco tropical generada a partir de la megafilogenia disponible en Phylomatic y la lista de especies. 448 registros, aportados por: González, M. (Contacto del recurso, Proveedor de metadatos), González, M. (Creador del recurso). Versión 1.0. http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=filogenia_bs_plantae_2017 http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=filogenia_bs_plantae_2017

Abstract

I2D-BIO_2017_045.
Filogenia construida para dieciséis (16) parcelas permanentes de bosque seco tropical en Colombia.

Keywords: phylomatic, bosque seco tropical, filogenia, Other

General description

Purpose: Edición de secuencias genéticas y construcción de filogenias de las especies de Bosque Seco Tropical provenientes de parcelas permanentes, definidas por el supervisor del contrato.
Additional information: Se adiciona la filogenia en formato .nexus para las especies de 16 parcelas de bosque seco tropical generada a partir de la megafilogenia disponible en Phylomatic (phylodiversity.net/phylomatic/).

Project details

Project title: Laboratorio de genética de la conservación
Personnel: Mailyn Gonzalez
Funding: Contrato N° 17-17-069-019OS
Study area descriptions/descriptor: El área del proyecto abarca las 5 regiones en donde se ha evidenciado la presencia de bosque seco tropical, comprende la región Caribe, los valles interandinos delos ríos Cauca y Magdalena, el Patía (Nariño y Cauca) y los llanos (Arauca, Casanare, Meta y Vichada).
Design description: Para el avance en la investigación de la diversidad filogenética en ecosistemas estratégicos en el territorio nacional, como los bosques, el enfoque de genética de la conservación del programa de Ciencias de la Biodiversidad se requiere un análisis filogenético para las comunidades de bosque seco tropical presentes en las 16 parcelas permanentes establecidas por el instituto Humboldt, como referente de una base de análisis de diversidad filogenética.

Data published through GBIF: http://i2d.humboldt.org.co/resource?r=filogenia_bs_plantae_2017

Taxonomic coverage

General taxonomic coverage description: Se construyó la filogenia para 448 especies de plantas vasculares de 16 parcelas de bosque seco tropical generada a partir de la megafilogenia disponible en Phylomatic (http://phylodiversity.net/phylomatic/).
Taxonomic ranks
Kingdom: Plantae

Spatial coverage

General spatial coverage: La filogenia se construyó para las 16 parcelas permanentes que ha establecido el Instituto Humboldt, en las 5 regiones en donde se ha evidenciado la presencia de bosque seco tropical, comprende la región Caribe, los valles interandinos delos ríos Cauca y Magdalena, el Patía (Nariño y Cauca) y los llanos (Arauca, Casanare, Meta y Vichada).
Coordinates: 2°53'60''N and 11°2'24''N Latitude; 77°3'36''W and 67°12'0''W Longitude 

Temporal coverage: March 1, 2017 - July 7, 2017

Methods

Method step description: Phylomatic (http://phylodiversity.net/phylomatic/) (Webb and Donoghue, 2005), es una herramienta en línea, en donde se puede realizar la construcción de filogenias si no se cuanta con datos moleculares, sólo se requiere del listado de las especies presentes en las comunidades de estudio, este listado debe ingresarse de la siguiente manera: Famlia/género/género_epiteto, una vez cargada el listado, se envía y el programa retornará una filogenia en formato .Newick, que podrá visualizarse en el programa FigTree.

Para calibrar la filogenia se debe abrir la consola de comandos básicos CMD en Windows y el Terminal si se usa Linux, y se escribe el siguiente comando:
phylocom bladj > output_tree.new. Este retorna una filogenia en formato newick, calibrada, previamente se debe crear un archivo al que se le dará el nombre de “age”, en donde se encuentran las edades para las diferentes familias, este archivo se creó a partir de las edades de datación secundaria tomadas de Magallón (2015).
Study extent description: El área del proyecto abarca las 16 parcelas permanentes Caparrapi, Cardonal loma, Cardonal plana, Colorados, Cotove, Jabirú, Macuira, Matitas, Plato, Tambor, Tame, Tamesis, Taminango, Tayrona, Tuparro y Vinculo, que se encuentran localizadas en las 5 regiones en donde se ha evidenciado presencia de bosque seco tropical, comprende la región Caribe, los valles interandinos delos ríos Cauca y Magdalena, el Patía (Nariño y Cauca) y los llanos (Arauca, Casanare, Meta y Vichada)
Sampling description: Se seleccionaron las 448 especies que se encuentran conformando las comunidades de las 16 parcelas

Metadata language: Spanish
Date of metadata creation: 2017-06-26
Hierarchy level: Dataset

References
Webb, C.O., & M.J. Donoghue. 2005. Phylomatic: tree assembly for applied phylogenetics. Molecular Ecology Notes 5:181–183 doi: 10.1111/j.1471-8286.2004.00829.x
Magallón, S., S., Gómez-Acevedo, L.L., Sánchez-Reyes & T, Hernández-Hernández. 2015. A metacalibrated time-tree documents the early rise of flowering plant phylogenetic diversity. New Phytologist 207(2):437-53 doi: 10.1111/nph.13264