Caracterización morfológica de hongos y bacterias de suelo, agua y sedimento en la cuenca de la Quebrada Lizama

Paola Montoya1, Paola Montoya2, Natalia Bolaños3, Mariana Restrepo Benavides3, Ecopetrol. S.A.4

1 Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt, Avenida Paseo Bolívar # 16-20, Bogotá, D.C., Colombia; 2 Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt, Avenida Paseo Bolívar # 16-20, Bogotá, D.C., Colombia; 3 Universidad de los Andes, Carrera 1 # 18A-12, Bogotá, D.C., Colombia; 4 Ecopetrol. S.A., Carrera 7 # 32–42. Edificio San Martín Piso 32, Bogotá, D.C., Colombia

Corresponding author(s): Paola Montoya (pmontoya@humboldt.org.co)

Received {date}; Revised {date}; Accepted {date}; Published {date}

Citation: Combination of authors, year of data paper publication (in parentheses), Title, Journal Name, Volume, Issue number (in parentheses), and doi of the data paper.

Resource Citation

Ecopetrol S.A., Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt, Universidad de los Andes (2022). Caracterización morfológica de hongos y bacterias de suelo, agua y sedimento en la cuenca de la Quebrada Lizama. 164 registros. http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=hongo-bacteria_lisama2_2022 http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=hongo-bacteria_lisama2_2022

Abstract

I2D-BIO_2022_006. En marzo de 2018, en la jurisdicción del municipio de Barrancabermeja ocurrió el derrame de crudo del pozo Lisama 158. Dos años después, en el 2020, el Instituto Humboldt realiza un muestreo de biodiversidad para conocer los cambios en la zona. El muestreo incluyó la toma de muestras de agua, suelo y sedimento para la caracterización de microorganismos. Esta caracterización incluyó el aislamiento de bacterias y hongos usando técnicas de cultivo tradicionales, con el objetivo de obtener un panorama general de los organismos más representativos presentes en las muestras. Para los aislamientos obtenidos se realización una caracterización morfológica macroscópica, y molecular (16S) en el caso de bacterias, y microscópica en el caso de hongos. En una fase posterior a este componente, para los hongos se generarán secuencias genéticas (ITS). La caracterización morfológica de los aislamientos contribuye, no sólo a describir un panorama general de los microorganismos cultivables de la zona, si no que complementadas con fases posteriores, fortalecerán las bases de referencias genéticas de microorganismos del país. El presente conjunto de datos contiene 22 eventos y 164 registros de hongos y bacterias.

Keywords: bacterias, hongos, aislamientos, Barrancabermeja, Lizama, Observation, Occurrence

General description

Purpose: Contribuir al conocimiento sobre los microorganismos cultivables de la zona y de los sustratos de agua, suelo y sedimento. Así también, dado que para los aislamientos se generarán secuencias genéticas de 16S (bacterias) e ITS (hongos) se fortalecerán las bases de secuencias genéticas de referencia del país.

Project details

Project title: Servicio especializado para la ejecución de un programa de monitoreo de biodiversidad que permita conocer a Ecopetrol S.A. los beneficios y la efectividad del programa de recuperación ambiental ejecutado por Ecopetrol S.A. en el área de influencia de la contingencia del pozo Lisama 158
Personnel: Lina María Sánchez Clavijo
Funding: Estos datos son generados en el marco del Contrato No. 20-20-082-232 suscrito entre el Instituto Alexander von Humboldt y el Laboratorio de Análisis y Servicios Técnicos S.A.S, el cual responde cumplir con actividades pactadas dentro del contrato No. 20-082 suscrito entre el Instituto Alexander von Humboldt y Ecopetrol S.A
Study area descriptions/descriptor: Cuenca de la Quebrada Lizama y Caño Muerto desde la zona del derrame del pozo 158 hacia su desembocadura en el Río Sogamoso, municipios de Barrancabermeja y San Vicente de Chucurí, departamento de Santander.
Design description: A raíz del afloramiento de crudo ocurrido en cercanías del pozo Lisama 158, Ecopetrol contrató al Instituto Humboldt para: 1) asesorar las acciones de respuesta rápida propuestas ante el evento, 2) evaluar la condición socioecológica del sistema aledaño al derrame, y 3) proponer lineamientos de restauración y monitoreo del sistema. Este contrato tuvo un tiempo de ejecución de 90 días calendario, entre el 19 de Abril y el 19 de Julio de 2018. Este estudio es una de las evaluaciones socioecológicas de corto plazo más completas que se haya realizado en un sistema afectado por un derrame de crudo en Colombia.

Data published through GBIF: http://i2d.humboldt.org.co/resource?r=hongo-bacteria_lisama2_2022

Taxonomic coverage

General taxonomic coverage description: El presente conjunto de datos contiene 164 registros de hongos y bacterias a diferentes jerarquías taxonómicas.
Taxonomic ranks
Domain: Bacteria
Kingdom: Fungi
Common names: bacterias, hongos

Spatial coverage

General spatial coverage: Área circundante a la cuenca de la Quebrada Lizama y el Caño Muerto, en los municipios de Barrancabermeja y San Vicente de Chucurí, departamento de Santander.
Coordinates: 7°8'6''N and 7°12'32.4''N Latitude; 73°38'45.6''W and 73°31'58.8''W Longitude 

Temporal coverage: December 8, 2020 - December 11, 2020

Methods

Method step description: Por medio de la técnica de dilución seriada se realizó el aislamiento en laboratorio de bacterias de muestras de agua, suelo y sedimento y de hongos de muestras de suelo y sedimento. 

Para el aislamiento se hicieron diluciones de las muestras hasta un factor de 10^-7. Para el aislamiento de hongos se realizaron siembras en superficie por triplicado de las diluciones 10^-1,10^-3 y 10^-5 en agar Papa Dextrosa (PDA) con cloranfenicol 50mg/l y Agar Rosa de Bengala (ARB), medio que inhibe el crecimiento de bacterias y limita el tamaño y la altura de los hongos con crecimiento rápido lo cual permite el aislamiento de colonias sin que estas se sobrelapen. Para aquellas muestras donde no hubo crecimiento se repitió el proceso sembrando en superficie la muestra directa (100) y su dilución 10^-1. 

Para el aislamiento de bacterias inicialmente se realizaron siembras en superficie de las diluciones 10^-5, 10^-6 y 10^-7 en Agar Nutritivo a un medio de concentración (1/2 AN) con cicloheximida, dado que no se obtuvieron recuentos se repitió el proceso sembrando las diluciones 10^-1,10^-2, 10^-3 y 10^-4.

Para el aislamiento de hongos transitorios a partir de muestras de agua se utilizó la técnica de filtración al vacío en filtro de tamaño de por 0.45μm. Las bacterias se conservarán en caldo nutritivo con glicerol 30% en refrigeración a -80ºC y los hongos en papel filtro a partir de monospóricos.

Con el fin de caracterizar la morfología de los hongos se realizó descripción macroscópica (color colonia anverso y reverso, pigmento al medio y apariencia) y descripción microscópica que permitió la identificación hasta el grado taxonómico mas específico posible. Para bacterias se realizó descripción macroscópica de las colonias (forma, color, borde, elevación y textura) e identificación molecular basada en el ADNr 16S, para su amplificación se usaron los cebadores 27F (5'-AGA GTT TGA TCM TGG CTC AG-3') y 1492R (5'-CGG TTA CCT TGT TAC GAC TT-3').
Study extent description: Seis localidades a lo largo de la cuenca de la Quebrada Lizama y Caño Muerto, desde la zona del derrame del pozo 158 hacia su desembocadura en el Río Sogamoso, municipios de Barrancabermeja y San Vicente de Chucurí, en el departamento de Santander.
Sampling description: Por medio de la técnica de dilución seriada se realizó el aislamiento en laboratorio de bacterias de muestras de agua, suelo y sedimento y de hongos de muestras de suelo y sedimento. Para el aislamiento se hicieron diluciones de las muestras hasta un factor de 10^-7 en medios de agar Papa Dextrosa (PDA) con cloranfenicol 50mg/l, Agar Rosa de Bengala (ARB), y Agar Nutritivo a un medio de concentración (1/2 AN) con cicloheximida. Para el aislamiento de hongos transitorios a partir de muestras de agua se utilizó la técnica de filtración al vacío en filtro de tamaño de por 0.45μm. Las bacterias fueron conservadas en caldo nutritivo con glicerol 30% en refrigeración a -80ºC y los hongos en papel filtro a partir de monospóricos.

Datasets

Dataset description
Object name: Darwin Core Archive Caracterización morfológica de hongos y bacterias de suelo, agua y sedimento en la cuenca de la Quebrada Lizama
Character encoding: UTF-8
Format name: Darwin Core Archive format
Format version: 1.0
Distribution: http://i2d.humboldt.org.co/archive.do?r=hongo-bacteria_lisama2_2022
Publication date of data: 2023-01-06
Language: Spanish

External datasets

Dataset description
Object name: Caracterización morfológica de hongos y bacterias de suelo, agua y sedimento en la cuenca de la Quebrada Lizama
Character encoding: utf-8
Format name: txt
Distribution: http://ipt.biodiversidad.co/iavh/resource?r=hongo-bacteria_lisama2_2022

Metadata language: Spanish
Date of metadata creation: 2022-01-07
Hierarchy level: Dataset