Microorganismos aislados de áreas para las conservación en Orinoquía y Magdalena medio del Piedemonte-Casanare y Magdalena Medio -  Proyecto FIBRAS

Sandra Milena Enríquez Delgado1, Sandra Enríquez2, Sandra Milena Enríquez3, Diana Farfán Villanueva1, Nicolas Pinel Pelaez1, Infraestructura Institucional de Datos4

1 Universidad EAFIT, Cra 48# 4 Sur, +57, Medellin, Colombia; 2 Instituto de Investigación de Rercursos Biológicos Alexander von Humboldt, Cll 7A Sur #51-07 B/Ceibas del Sur, Guayabal, MEDELLIN, Colombia; 3 Universidad EAFIT, Cll 7A Sur #51-07 B/Ceibas del Sur, Guayabal, MEDELLIN, Colombia; 4 Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt, Avenida Paseo Bolívar # 16-20, 110321, Bogotá, D.C., Colombia

Corresponding author(s): Sandra Milena Enríquez Delgado (smenriqued@efiat.edu.co), Sandra Enríquez (smenriqued@eafit.edu.co)

Received {date}; Revised {date}; Accepted {date}; Published {date}

Citation: Combination of authors, year of data paper publication (in parentheses), Title, Journal Name, Volume, Issue number (in parentheses), and doi of the data paper.

Resource Citation

Ecopetrol S.A., Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (2022). Microorganismos aislados de áreas para las conservación en Orinoquía y Magdalena medio del Piedemonte-Casanare y Magdalena Medio - Proyecto FIBRAS. http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=hongos_piedemontemagdalena_2022 http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=bacterias_piedemontemagdalena_2022

Abstract

2D-BIO_2022_119. Bajo el marco del convenio Fibras No. 19-155, entre el Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt y ECOPETROL S.A.S y la Universidad EAFIT, se llevó a cabo un muestreo de hongos. El muestreo se llevó a cabo entre marzo de 2021 y junio de 2021. E l presente conjunto de datos contiene un total de  de 192 registros biológicos de bacterias distribuidos en  33 Familias, 30 géneros . La taxonomía se basó en los resultados obtenidos a partir de Silva; y para cada grupo a nivel genérico se emplearon claves o artículos científicos de Referencia.

Keywords: bacterias, caracterización fenotípica, caracterización molecular, hidrocarbonoclastas, 16s., Occurrence, Metadata, Specimen

General description

Purpose: Aunar esfuerzos técnicos, administrativos y financieros entre el Instituto Alexander von Humboldt y la Universidad de los Andes para caracterizar la diversidad funcional de hongos y realizar la caracterización taxonómica y genética de hongos cultivables de las muestras ambientales, definidas por el supervisor del convenio por parte del Instituto, en el marco del Convenio No. 19-155 suscrito entre el Instituto Alexander von Humboldt y Ecopetrol S.A.

Project details

Project title: Proyecto FIBRAS
Personnel: Paola Pulido-Santacruz
Funding: Convenio FIBRAS, suscrito entre el Instituto Alexander von Humboldt (No. 19-155) y Ecopetrol S.A. (3025877)
Study area descriptions/descriptor: Este proyecto comprende áreas correspondientes a los departamentos del Huila, Casanare, Meta y la región del Magdalena Medio. En particular el componente 4b - Genómica, se enfocó en tres núcleos ubicados en los municipios de Neiva (Huila), Aguazul (Casanare), Tauramena (Casanare) , Barrancabermeja (Santander), El Carmen de Chucurí (Santander) y San Vicente de Chucurí.
Design description: El proyecto FIBRAS es un acuerdo de cooperación para la planificación y gestión de la biodiversidad y sus contribuciones al bienestar para cinco áreas del territorio colombiano, bajo criterios de conservación y desarrollo sostenible basados en información científica. Como parte de este convenio surge la conformación de seis Ecoreservas, identificadas como áreas de propiedad de Ecopetrol destinadas en parte o completamente a la conservación de la biodiversidad y oferta de servicios ecosistémicos, sin limitar su vocación productiva.

Data published through GBIF: http://i2d.humboldt.org.co/resource?r=microrganismos_piedemontemagdalena_2022

Taxonomic coverage

General taxonomic coverage description: Se obtuvo un total de 192 registros biológicos de bacterias distribuidos en  33 Familias, 30 generos . La taxonomía se basó en los resultados obtenidos a partir de Silva; y para cada grupo a nivel genérico se emplearon claves o artículos científicos de Referencia.
Taxonomic ranks
Order: Bacillales, Brevibacillales, Burkholderiales, Caulobacterales, Enterobacterales, Lactobacillales, Micrococcales, Paenibacillales, Propionibacteriales, Pseudomonadales, Rhizobiales, Rhodobacterales, Sphingomonadales, Staphylococales, Streptomycetales, Xanthomonadales

Spatial coverage

General spatial coverage: Zona de Magdalena medio en Santander (7°04′03″N	73°50′50″W)  y Piedemonte llanero en Casanare  (5°10′08″N, 72°32′48″W)
Coordinates: 5°7'51.6''N and 6°52'48''N Latitude; 73°45'28.8''W and 72°23'38.4''W Longitude 

Temporal coverage: March 14, 2021 - January 27, 2022

Natural collections description

Parent collection identifier: EAFIT
Collection name: Colección de recursos biológicos Universidad EAFIT
Collection identifier: 227
Specimen preservation method: Deep frozen

Methods

Method step description: 1. Toma de las muestras en campo: Manteniendo condiciones de esterilidad se tomaron muestras de agua suelo y sedimento en cada uno de los puntos de muestreo. Las muestra colectadas fueron transportadas en cadena de frío hasta su procesamiento en el laboratorio. 
2. Procesamiento de las muestras ambientales:
2.1. Aislamiento de bacterias:
2.1.1. Suelo y sedimento: Dilución y siembra en placa: Una muestra de suelo o sedimento (según corresponda), se suspendió en agua estéril y se procedió a diluir en una proporción de 1/10. Las diluciones 10e-1, 10e-3 y 10-5 se inocularon en cajas de agar R2A (0.5x).

3. Purificación de los aislamientos en cultivos axénicos: Siguiendo las recomendaciones básicas de bioseguridad en laboratorios de microbiología, las bacterias aisladas fueron aisladas de forma individual posterior a la confirmación de las características de colonia y celular. Se usaron medios generales de cultivo (R2A y TSB) y medios basales enriquecidos con crudo al 1%, para el aislamiento y caracterización de bacterias con potencial hidrocarbonoclasta.  
4. Una vez se logró la corroboración de las características fenotípicas se procedió a los análisis moleculares para todos los aislamientos.  La caracterización molecular para las bacterias se realizó a través de:  la extracción de ADN ; amplificación del gen ribosomal 16s;  la secuenciación por el método Sanger y la identificación taxonómica con Silva.
Study extent description: Dentro de la región del Magdalena medio en el municipio de Barrancabermeja y en Aguazul en el departamento de Casanare dentro del Piedemonte Llanero.
Sampling description: En el Magdalena medio se muestrearon 12 puntos y en el Casanare 9 puntos. En cada punto de muestreo se tomaron 3 réplicas en un transecto de 20 m y recogieron muestras de agua, suelo y sedimento.
Quality control description: Todas las muestras y procedimientos para el aislamiento y caracterización se realizaron bajo un modelo de investigación por triplicado.  Además, para cada paso se aplicaron blancos o pruebas sin tratamientos para corroborar la inocuidad y éxito metodológico en campo y dentro del laboratorio.

Datasets

Dataset description
Object name: Darwin Core Archive Microorganismos aislados de áreas para las conservación en Orinoquía y Magdalena medio del Piedemonte-Casanare y Magdalena Medio -  Proyecto FIBRAS
Character encoding: UTF-8
Format name: Darwin Core Archive format
Format version: 1.0
Distribution: http://i2d.humboldt.org.co/archive.do?r=microrganismos_piedemontemagdalena_2022
Publication date of data: 2023-01-17
Language: Spanish
Licences of use: Libre a nivel interno y externo (Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0)

External datasets

Dataset description
Object name: Caracterización taxonómica y genética de bacterias cultivables del Piedemonte-Casanare y Magdalena Medio -  Proyecto FIBRAS
Character encoding: utf-8
Format name: txt
Distribution: https://ipt.biodiversidad.co/sib/resource?r=ecopetrol-fibras_microorganismos-piedemontemagdalena

Metadata language: Spanish
Date of metadata creation: 2022-07-13
Hierarchy level: Dataset