Registros biológicos de secuencias de plantas de seis parcelas permanentes de Bosque Seco Tropical en Colombia

María González1, Maria González2, Maria González1, Mailyn Gonzalez1, Infraestructura Institucional de Datos3

1 Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt, Avenida Paseo Bolivar 16-20, Bogotá, D.C., Colombia; 2 Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt, Avenida Paseo Bolivar 16-20, Bogotá, D.C.; 3 Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt, Calle 28A No. 15-09, Bogotá, D.C., Colombia

Corresponding author(s): María González (mcgonzalezp@hotmail.com), Maria González (mcgonzalezp@hotmail.com)

Received {date}; Revised {date}; Accepted {date}; Published {date}

Citation: Combination of authors, year of data paper publication (in parentheses), Title, Journal Name, Volume, Issue number (in parentheses), and doi of the data paper.

Resource Citation

Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (2017).Secuencias de plantas de seis parcelas permanentes de Bosque Seco Tropical en Colombia. 99 registros, aportados por: González, M. (Contacto del recurso, Proveedor de metadatos), González, M. (Creador del recurso). Versión 1.0. http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=rrbb_bs_plantae_sec_2017 http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=rrbb_bs_plantae_sec_2017

Abstract

I2D-BIO_2017_044.
Registros biológicos de 92 secuencias de RbcL y 26 secuencias de ITS que fueron editadas en el programa geneious 9.0 y posteriormente se depositaron en el proyecto “Tropical Dry Forest Colombia” o BSTIH registrado en la plataforma Barcode Of Life Datasystems (BOLD) http://v4.boldsystems.org/index.php/MAS_Management_Recordlist

Keywords: Bosque seco tropical, parcelas permanentes, cídigos de barra de ADN, rbcL, ITS, filogenias moleculares, Specimen, Occurrence

General description

Purpose: Edición de secuencias genéticas y construcción de filogenias de las especies de Bosque Seco Tropical provenientes de parcelas permanentes, definidas por el supervisor del contrato.
Additional information: Filogenia en formato nexus

Project details

Project title: Laboratorio de genética de la conservación
Personnel: Mailyn Gonzalez
Funding: Contrato N° 17-17-069-019OS
Study area descriptions/descriptor: El área actual del proyecto abarca 6 Departamentos: Vichada, Nariño, Valle del Cauca, Tolima, Cundinamarca y Antioquia.
Design description: Para el avance en la investigación de la diversidad filogenética en ecosistemas estratégicos en el territorio nacional, como los bosques, el enfoque de genética de la conservación del programa de Ciencias de la Biodiversidad ha generado secuencias en diferentes grupos taxonómicos, dicha información se ha colectado bajo diferentes proyectos y preguntas de investigación y es necesario editarla y depositarla en las bases de referencia de códigos de barra de ADN que coordina el instituto Humboldt.

Data published through GBIF: http://i2d.humboldt.org.co/resource?r=rrbb_bs_plantae_sec_2017

Taxonomic coverage

General taxonomic coverage description: Incluye 92 secuencias para rbcL y 26 para ITS, correspondientes a 40 familias, 77 géneros y 98 especies
Taxonomic ranks
Genus: Ampelocera sp. 1, Coccoloba sp. 2, Coursetia sp., Cupania sp. 1, Daphnopsis sp., Diospyros sp. 2, Elaeoluma sp., Enterolobium sp. 1, Guapira sp. 1, Inga sp., Jacquinia sp. 2, Machaerium sp. 1, Machaerium sp. 1, Matayba sp., Morisonia sp. 1, Neea sp. 2, Ouratea sp., Petrea sp., Piptadenia sp., Platymiscium sp., Pouteria sp, Ruprechtia sp., Vachellia sp., Verbesina sp.
Species: Achatocarpus nigricans, Amyris pinnata, Annona muricata, Aralia excelsa, Aspidosperma cuspa, Aspidosperma polyneuron, Astronium graveolens, Brosimum alicastrum, Brosimum guianense, Bunchosia pseudonitida, Calliandra magdalenae, Casearia aculeata, Celtis iguanaea, Citharexylum kunthianum, Clarisia racemosa, Clusia umbellata, Connarus ruber, Coursetia ferruginea, Croton gossypiifolius, Cynophalla flexuosa, Cynophalla linearis, Cynophalla polyantha, Duguetia odorata, Enterolobium cyclocarpum, Erythroxylum jaimei, Erythroxylum macrophyllum, Erythroxylum ulei, Eschweilera tenuifolia, Eugenia monticola, Eugenia procera, Ficus americana, Ficus trigona, Genipa americana, Gliricidia sepium, Gustavia augusta, Haematoxylum brasiletto, Handroanthus barbatus, Handroanthus billbergii, Handroanthus chrysanthus, Himatanthus articulatus, Inga laurina, Leucaena leucocephala, Licania apetala, Licania parvifructa, Lindackeria paludosa, Mabea trianae, Machaerium biovulatum, Machaerium capote, Ocotea veraguensis, Paullinia globosa, Pisonia aculeata, Pithecellobium dulce, Platymiscium pinnatum, Pseudobombax septenatum, Pseudosamanea guachapele, Quadrella indica, Rudgea crassiloba, Sapindus saponaria, Senna spectabilis, Simira rubescens, Swartzia trianae, Tachigali guianensis, Terminalia amazonia, Trichilia carinata, Urera simplex, Vachellia farnesiana, Vitex orinocensis, Vochysia vismiifolia, Xylosma intermedia, Zanthoxylum schreberi, Zanthoxylum verrucosum

Spatial coverage

General spatial coverage: Las secuencias editadas se generaron de ADN (extraído de tejidos de hojas) que se encuentra preservado en el laboratorio de biología de la conservación del Instituto de Investigaciones Alexander von Humboldt, estos tejidos corresponden a las comunidades de especies de seis parcelas permanentes de Bosque Seco Tropical en Colombia. En total son 92 secuencias del gen cloroplastidio de rbcL y 26 secuencias del gen nuclear ITS.
Coordinates: 1°40'26.4''N and 11°20'16.8''N Latitude; 77°18'28.8''W and 67°51'18''W Longitude 

Temporal coverage: February 8, 2014 - November 7, 2015

Natural collections description

Parent collection identifier: NA
Collection name: Herbario Federico Medem Bogotá
Collection identifier: FMB
Specimen preservation method: Dried and pressed

Methods

Method step description: Las secuencias fueron editadas en el programa Geneious v. 9.0, posteriormente se creó el proyecto BSTIH en la plataforma de BOLDSYSTEM (Barcode of lofe data system - http://v4.boldsystems.org), en donde se procedió a cargar las bases de datos de correspondiente a la información de las 99 secuencias editadas y las originales (no editadas).
Study extent description: El área de estudio corresponde a seis parcelas permanentes de 1 ha, 1. Tuparro (Vichada) Y 2.Taminango (Nariño) se establecieron en el 2014, y las parcelas de 3. Cotove (Antioquia), 4. El Vínculo (Valle del Cauca), 5. jabirú (Tolima) y 6. Matitas localizada en la Guajira, establecida bajo el proyecto del Inventario Forestal Nacional (IFN)
Sampling description: Se priorizaron las especies correspondientes a seis parcelas de bosque seco tropical, las secuencias se obtuvieron a partir del ADN que se encuentra conservado en el laboratorio de genética de la conservación del Instituto de Investigaciones Alexander von Humboldt.

Datasets

Dataset description
Object name: Darwin Core Archive Registros biológicos de secuencias de plantas de seis parcelas permanentes de Bosque Seco Tropical en Colombia
Character encoding: UTF-8
Format name: Darwin Core Archive format
Format version: 1.0
Distribution: http://i2d.humboldt.org.co/archive.do?r=rrbb_bs_plantae_sec_2017
Publication date of data: 2024-11-28
Language: Spanish
Licences of use: Libre a nivel interno y externo (Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0)

Metadata language: Spanish
Date of metadata creation: 2017-06-26
Hierarchy level: Dataset