Ejemplares botánicos digitalizados  del herbario FMB

Carolina Castellanos Castro1, Angela María Arango Jaramillo2, Infraestructura Institucional de Datos3, Carolina Castellanos Castro4, Angela María Arango Jaramillo5, Humberto Mendoza5

1 Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt, Avenida Paseo Bolivar 16-20, Bogotá, D.C., Colombia; 2 Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt, Carrera 8 No. 15-08 Claustro de San Agustín, Villa de Leyva, Colombia; 3 Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander Von Humboldt, Calle 28A No. 15-09, Bogotá, D.C., Colombia; 4 Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt, Av. Paseo Bolivar 16-20, Bogotá, D.C., Colombia; 5 Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt, Carrera 8 No. 15-08 Claustro de San Agustín, Villa de Leyva, Colombia

Corresponding author(s): Carolina Castellanos Castro (ccastellanos@humboldt.org.co), Angela María Arango Jaramillo (arangoangelam@gmail.com)

Received {date}; Revised {date}; Accepted {date}; Published {date}

Citation: Combination of authors, year of data paper publication (in parentheses), Title, Journal Name, Volume, Issue number (in parentheses), and doi of the data paper.

Resource Citation

Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (2016). Digitalización de ejemplares botánicos del herbario FMB.  7409 registros, aportados por: Castellanos Castro, C. (Contacto del recurso, Creador del recurso, Investigador principal), Arango Jaramillo, A. (Proveedor de los metadatos), Mendoza, H. (Curador). Versión 2.0.  http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=rrbb_plantae_fmbflickr_2015  http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=rrbb_plantae_fmbflickr_2015

Abstract

I2D-BIO_2015_081. 
Este conjunto de datos contiene 7409 imágenes digitales de los ejemplares botánicos de las colecciones del herbario Federico Medem Bogotá (FMB) correspondientes a 147 familias, 657 géneros y 1288 especies.

Keywords: ejemplar de herbario, colección botánica, Occurrence, Specimen, Occurrence

General description

Purpose: Diseñar un sistema de gestión que permita la consolidación, análisis y acceso libre de información biológica y ecológica de las especies de fauna, flora y recursos hidrobiológicos colombianas, para la evaluación de su estado de conservación a nivel nacional con una mayor rigurosidad, periodicidad, sostenibilidad e impacto. Para la conformación de este sistema se identificaron actividades a desarrollar en cuatro líneas de trabajo: operativa, metodológica, tecnológica y de impacto. La línea metodológica está relacionada con la generación de un marco técnico para la consolidación y estructuración de información biológica necesaria para el análisis de riesgo de extinción proveniente de diferentes fuentes que permita su publicación en plataformas en línea. Para este fin se realizó la sistematización y estructuración de información biológica, ecológica, registros biológicos, y de uso de un grupo piloto de especies de fauna, flora y recursos hidrobiológicos categorizadas usando los estándares adoptados y recomendados por el Sistema de Información sobre Biodiversidad de Colombia, con vínculo a literatura publicada y gris recopilada, organizada y compartida. El presente contrato aportó al cumplimiento de esta actividad.
Additional information: Existe un informe final incorporado a la Infraestructura Institucional de Datos del Instituto Humboldt.

Project details

Project title: Diseño de un sistema para el análisis de riesgo de extinción de la flora y fauna de Colombia
Personnel: Carolina Castellanos Castro
Funding: Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible. Contrato N° 15-15-0075-061PS
Study area descriptions/descriptor: Ejemplares botánicos del herbario Federico Medem Bogotá (FMB) del Instituto de Investigación en Recursos Biológicos Alexander von Humboldt, ubicado en el Municipio de Villa de Leyva (Boyacá)
Design description: Diseñar un sistema de gestión que permita la consolidación, análisis y acceso libre de información biológica y ecológica de las especies de fauna, flora y recursos hidrobiológicos colombianas, para la evaluación de su estado de conservación a nivel nacional con una mayor rigurosidad, periodicidad, sostenibilidad e impacto. Para la conformación de este sistema se identificaron actividades a desarrollar en cuatro líneas de trabajo: operativa, metodológica, tecnológica y de impacto. La línea metodológica está relacionada con la generación de un marco técnico para la consolidación y estructuración de información biológica necesaria para el análisis de riesgo de extinción proveniente de diferentes fuentes que permita su publicación en plataformas en línea. Para este fin se realizó la sistematización y estructuración de información biológica, ecológica, registros biológicos, y de uso de un grupo piloto de especies de fauna, flora y recursos hidrobiológicos categorizadas usando los estándares adoptados y recomendados por el Sistema de Información sobre Biodiversidad de Colombia, con vínculo a literatura publicada y gris recopilada, organizada y compartida. El presente contrato aportó al cumplimiento de esta actividad.

Data published through GBIF: http://i2d.humboldt.org.co/resource?r=rrbb_plantae_fmbflickr_2015

Taxonomic coverage

General taxonomic coverage description: Se consolidaron 7409 registros de ejemplares botánicos del herbario Federico Medem Bogotá (FMB) correspondientes a 147 familias, 657 géneros y 1288 especies.
Taxonomic ranks
Family: Acanthaceae, Achariaceae, Achatocarpaceae, Amaranthaceae, Anacardiaceae, Annonaceae, Apocynaceae, Araceae, Araliaceae, Arecaceae, Aristolochiaceae, Asclepiadaceae, Asteraceae, Basellaceae, Bignoniaceae, Bixaceae, Bombacaceae, Boraginaceae, Bromeliaceae, Burmanniaceae, Burseraceae, Cactaceae, Caesalpiniaceae, Calophyllaceae, Cannabaceae, Capparaceae, Caricaceae, Cecropiaceae, Celastraceae, Chrysobalanaceae, Clusiaceae, Cochlospermaceae, Combretaceae, Commelinaceae, Connaraceae, Convolvulaceae, Costaceae, Cucurbitaceae, Cyclanthaceae, Cyperaceae, Dichapetalaceae, Dilleniaceae, Dioscoreaceae, Dipterocarpaceae, Droseraceae, Dryopteridaceae, Ebenaceae, Elaeocarpaceae, Ericaceae, Eriocaulaceae, Erythroxylaceae, Euphorbiaceae, Fabaceae, Flacourtiaceae, Gentianaceae, Gesneriaceae, Gnetaceae, Haemodoraceae, Heliconiaceae, Hernandiaceae, Hippocrateaceae, Humiriaceae, Hymenophyllaceae, Hypericaceae, Icacinaceae, Iridaceae, Labiatae, Lacistemataceae, Lamiaceae, Lauraceae, Lecythidaceae, Lentibulariaceae, Liliaceae, Linaceae, Loganiaceae, Loranthaceae, Lycopodiaceae, Lythraceae, Magnoliaceae, Malpighiaceae, Malvaceae, Marantaceae, Marcgraviaceae, Melastomataceae, Meliaceae, Menispermaceae, Mimosaceae, Monimiaceae, Moraceae, Myristicaceae, Myrsinaceae, Myrtaceae, Nyctaginaceae, Ochnaceae, Olacaceae, Onagraceae, Orchidaceae, Passifloraceae, Phyllanthaceae, Phytolaccaceae, Piperaceae, Poaceae, Podostemaceae, Polygalaceae, Polygonaceae, Primulaceae, Proteaceae, Pteridaceae, Quiinaceae, Rapateaceae, Rhamnaceae, Rosaceae, Rubiaceae, Rutaceae, Salicaceae, Santalaceae, Sapindaceae, Sapotaceae, Schizaeaceae, Scrophulariaceae, Selaginellaceae, Simaroubaceae, Siparunaceae, Smilacaceae, Solanaceae, Sterculiaceae, Strelitziaceae, Styracaceae, Theophrastaceae, Thurniaceae, Thymelaeaceae, Tiliaceae, Trigoniaceae, Turneraceae, Ulmaceae, Urticaceae, Velloziaceae, Verbenaceae, Violaceae, Viscaceae, Vitaceae, Vochysiaceae, Xyridaceae, Zamiaceae, Zingiberaceae, Zygophyllaceae

Spatial coverage

General spatial coverage: Conjunto de datos con información de los ejemplares botánicos del herbario FMB correspondientes a las familias Icacinaceae, Melastomatacea, Piperaceae, al Parque Nacional Natural Tuparro, ejemplares Tipo y de parcelas permanentes de bosque seco tropical, en total se presentan 7409 imágenes digitales en alta resolución.
Coordinates: 4°15'0''S and 12°32'24''N Latitude; 79°4'48''W and 66°59'24''W Longitude 

Temporal coverage: May 20, 2015 - November 15, 2015

Natural collections description

Parent collection identifier: N/A
Collection name: Herbario Federico Meden Bogotá
Collection identifier: FMB
Specimen preservation method: Dried and pressed

Methods

Method step description: La digitalización de especímenes se refiere a la captura fotográfica y el registro de información de especímenes o colecciones. Típicamente los especímenes incluyen etiquetas y notas de campo que contienen información sobre el evento de colecta (Ejemplo: Nombre del colector, fechas, Localidad, etc.) determinaciones taxonómicas y números de catálogo o identificadores. La digitalización de la información de las etiquetas incluye captura del texto como caracteres, y almacenamiento de esta información en bases de datos, igualmente la digitalización también incluye la captura de imágenes digitales. El proceso de digitalización incluye las siguientes tareas: 1.Curado y pre-digitalización 2.Captura de imágenes (fotografía de especímenes y etiquetas) 3.Procesamiento de las imágenes 4.Captura electrónica de los datos 1.CURADO Y PRE-DIGITALIZACIÓN Constituye el primer paso en la digitalización de especímenes y brinda la oportunidad de realizar las siguientes actividades: -Inspeccionar y restaurar los especímenes dañados y evaluar la salud de la colección. -Tratar las pestes. -Descubrir especímenes perdidos pertenecientes a otras instituciones o tipos no conocidos en la colección. -Actualizar las determinaciones taxonómicas. -Reorganizar los contenidos de los gabinetes o compactadores. -Seleccionar los ejemplares para la digitalización. -Adjuntar un identificador único (Código de barras) a cada espécimen. 2.CAPTURA DE IMÁGENES (fotografía de especímenes y etiquetas) La captura de imágenes consiste en fotografiar los ejemplares codificados previamente y descargar las imágenes en el computador destinado para la edición y marcaje. Durante el proceso de fotografía de una familia se debe llevar un registro detallado de las diferentes actividades realizadas. A continuación se explican los pasos y se dan las instrucciones necesarias para el proceso de Captura de imagen. La captura de imágenes generalmente requiere: -Pre-configuración e iniciación de los equipos. -Organización de los especímenes que serán fotografiados. -Toma de la imagen. -Descarga y almacenamiento de la imagen. -Captura del código de barras. -Mover el espécimen a una nueva estación o incluirlo nuevamente en la colección. 3.PROCESAMIENTO DE LAS IMÁGENES El procesamiento de las imágenes incluye todas las tareas o grupo de tareas desarrolladas sobre una imagen, seis tareas son las más comunes: 1.Control de calidad. 2.Procesamiento de la imagen. 3.Conversión de archivos. 4.Copia de Seguridad. Durante el procesamiento de la imagen se debe llevar un registro detallado de las diferentes actividades realizadas. Para este proceso se parte de la fotografía descargada en rutas preestablecidas.
Study extent description: Ejemplares botánicos del herbario Federico Medem Bogotá (FMB) del Instituto de Investigación en Recursos Biológicos Alexander von Humboldt, ubicado en el Municipio de Villa de Leyva (Boyacá)
Sampling description: El proceso de digitalización de especímenes del herbario FMB, la captura y procesamiento de las imágenes se realizó siguiendo el protocolo “Cerrando la brecha entre parcelas permanentes y la conservación de plantas en Colombia PROTOCOLO PARA LA DIGITALIZACIÓN DE ESPECÍMENES DE HERBARIO Versión 1.0”. Los especímenes antes de ser digitalizados fueron validados taxonómicamente por el curador del herbario Humberto Mendoza y el investigador Álvaro Idárraga, las fotografías fueron almacenadas siguiendo el formato establecido por el supervisor del contrato, quedando así: una carpeta llamada Herbario_FMB_2015 que contiene dos carpetas Herbario_FMB_2015_JPG y Herbario_FMB_RAW.
Quality control description: En cada una de las actividades desarrolladas durante la digitalización de especímenes de herbario se realiza control de calidad. El control de calidad usualmente se efectúa mediante la selección y el examen de las imágenes en intervalos regulares, las imágenes seleccionas son evaluadas en el enfoque, la exposición correcta, manchas, desajustes entre los nombres de los archivos, valor del código de barras o numero de identificación y otros signos evidentes de error al inspeccionar. Este control se realiza de la siguiente manera: 1. Se realiza el curado y actualización nomenclatural de los ejemplares seleccionados para la digitalización mediante el uso de bases de datos virtuales como The Plant List, trópicos, El catalogo de la vida, IPNI, entre otros 2. El control de calidad de las imágenes se realiza en un solo espacio y un solo computador con dos monitores, preferiblemente calibrados, para asegurar una visualización óptima. Este control debe llevarse a cabo aproximadamente cada 20 imágenes. 3. Los archivos de imagen son visualizados utilizando el software de edición de imágenes de la cámara (Digital Photo Professional). 4. Las imágenes se magnifican a 100% para verificar que contengan todos los elementos necesarios (reglilla, tarjeta de color, etiqueta completa), la calidad requerida, confirmar el enfoque, la exposición correcta, manchas o rayas, desajustes entre los nombres de los archivos y valor del código de barras del espécimen.

Metadata language: Spanish
Date of metadata creation: 2015-11-28
Hierarchy level: Dataset

References
Tropicos.org. Missouri Botanical Garden. http://www.tropicos.org