Secuencias genéticas de  Aves, Hongos, Reptiles, Anfibios, Plantas y Peces, de la expedición Colombia BIO–Vichada

María Claudia González1, María Claudia Gonzalez1, Mailyn Gonzalez1, Eduardo Tovar2, Infraestructura Institucional de Datos3

1 Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt, Avenida Paseo Bolivar 16-20, 110141, Bogota, D.C., Colombia; 2 Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt, Sede Palmira (CIAT), Cali; 3 Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander Von Humboldt, Calle 28A No. 15-09, Bogotá, D.C., Colombia

Corresponding author(s): María Claudia González (mcgonzalezp@hotmail.com)

Received {date}; Revised {date}; Accepted {date}; Published {date}

Citation: Combination of authors, year of data paper publication (in parentheses), Title, Journal Name, Volume, Issue number (in parentheses), and doi of the data paper.

Resource Citation

Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (2018). Secuencias genéticas de Aves, Reptiles, Hongos, Peces, Anfibios y Plantas de la expedición ColombiaBIO-Chingaza (Medina-San Juanito). 696 registros, aportados por: Gonzalez, M.A. (Contacto del recurso), González, M.C (Creador del recurso, Proveedor de metadatos). http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=secuencias_colombiabiovichada_2017 http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=secuencias_colombiabiovichada_2017

Abstract

I2D-BIO_2018_054. Conjuntos de datos con los registros biológicos de 696 secuencias de los siguientes grupos taxonómicos:  Aves, Hongos, Reptiles, Anfibios, Plantas y Peces, depositadas en la plataforma Barcode Of Life Datasystems (BOLD), del proyecto Colombia BIO, Expedición III – Vichada

Keywords: ColombiaBIO, aves, peces, reptiles, anfibios, insectos, malaise, plantas, hongos, Vichada, Puerto Carreño, BOLD System, Specimen, Occurrence, Occurrence

Project details

Project title: Colombia BIO
Personnel: Mailyn Gonzalez
Funding: Fiduprevisora S.A. Convenio No. 16-062
Study area descriptions/descriptor: Departamento de Vichada. Municipios Puerto Carreño y Cumaribo
Design description: Generar código de barras de ADN de especies de plantas, hongos,vertebrados e insectos de muestras recolectadas en las expediciones biológicas del proyecto, lo cuál requiere la edición de las reacciones de secuencias genéticas y posterior publicación en la base de datos de código de barras de ADN pública BOLD System

Data published through GBIF: http://i2d.humboldt.org.co/resource?r=secuencias_colombiabiovichada_2017

Taxonomic coverage

General taxonomic coverage description: 32 registros para anfibios, los 32 identificados a nivel de especie
Taxonomic ranks
Class: Amphibia
Order: Anura

Taxonomic coverage

General taxonomic coverage description: 114 registros para aves, de los cuales 108 registros identificados a nivel de especie, 5 a género y 1 a familia
Taxonomic ranks
Class: Aves
Order: Accipitriformes, Apodiformes, Caprimulgiformes, Charadriiformes, Columbiformes, Coraciiformes, Cuculiformes, Galbuliformes, Passeriformes, Piciformes

Taxonomic coverage

General taxonomic coverage description: 19 registros para mamíferos, de los cuales 14 se identificaron a nivel de especie y 5 a nivel de género
Taxonomic ranks
Class: Mammalia
Order: Chiroptera, Rodentia

Taxonomic coverage

General taxonomic coverage description: 10 registros para Reptiles identificados todos a nivel de especie
Taxonomic ranks
Class: Reptilia
Order: Squamata, Eusuchia

Taxonomic coverage

General taxonomic coverage description: 479 registros para insectos, colectados en trampas malaise. 263 se identificados a nivel de especie 16 a género, 199 a nivel de familia y 1 subespecie
Taxonomic ranks
Order: Coleoptera, Diptera, Hemiptera, Hymenoptera
Subfamily: Psocoptera

Taxonomic coverage

General taxonomic coverage description: 103 registros para peces, 99 identificados a nivel de especie y 4 nivel de género
Taxonomic ranks
Class: Actinopterygii, Elasmobranchii
Order: Myliobatiformes, Cichliformes, Clupeiformes, Perciformes, Siluriformes
Subfamily: Characiformes

Taxonomic coverage

General taxonomic coverage description: 185 registros para plantas, de los cuales 152 se identificaron a nivel de especie, 25 a género y 8 a familia
Taxonomic ranks
Domain: Boraginales
Class: Liliopsida, Magnoliopsida
Order: Alismatales, Aquifoliales, Arecales, Aristolochiales, Asparagales, Asterales, Caryophyllales, Celastrales, Commelinales, Dilleniales, Dioscoreales, Ericales, Fabales, Gentianales, Lamiales, Laurales, Liliales, Magnoniales, Malpighiales, Malvales, Oxalidales, Piperles, Poales, Polypodiales, Proteales, Santalales, Sapindales, Solanales, Vitales, Zingiberales

Taxonomic coverage

General taxonomic coverage description: 32 registros para hongos. 3 identificados a nivel de especie, 17 a nivel de género, 10 a familia y 2 a orden
Taxonomic ranks
Class: Sordariomycetes, Agaricomycetes
Order: Agaricales, Hymenochaetales, Polyporales, Xylariales

Spatial coverage

General spatial coverage: El proyecto se llevó a cabo en el Departamento del Vichada en los municipios de Puerto Carreño y Cumaribo
Coordinates: 5°30'50.4''N and 5°53'20.4''N Latitude; 68°40'58.8''W and 68°19'37.2''W Longitude 

Temporal coverage: March 31, 2017 - April 7, 2017

Natural collections description

Parent collection identifier: NA
Collection name: Colección de Tejidos del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Collection identifier: IAvH-CT
Specimen preservation method: Deep frozen

Methods

Method step description: Las secuencias para los diferentes grupos taxonómicos fueron editadas en el programa Geneious v. 9.0, posteriormente se cargaron en la plataforma de BOLDSYSTEM (Barcode of lofe data system - http://v4.boldsystems.org) se creó un contaiber con el nombre "CBIHO Colombia BIO-IAvH" posteriormente se creó asoció un proyecto creado para cada grupo: 

Peces: CBIHS Fishes Colombia BIO-IAvH
Hongos: CBIHF Fungi Colombia BIO-IAvH
Anfibios: CBIHA Amphibiens Colombia BIO-IAvH
Aves: CBIHB Birds Colombia BIO-IAvH
Insectos (Colectados con trampas malaise): CBIHM Malaise Colombia BIO-IAvH
Plantas: CBIHP Plants Colombia BIO-IAvH
Reptiles: CBIHR Reptiles Colombia BIO-IAvH
Study extent description: Departamento de Vichada. Municipios Puerto Carreño y Cumaribo
Sampling description: En campo la mayoría de colectas se realizaron en recorridos libres. Los insectos se colectaron con trampas malaise y redes. Para peces de emplearon redes, con aves se utilizaron redes de niebla. Para plantas se colectaron tejidos foliares.

Los tejidos colectados se conservaron algunos en Sílica gel y otros en viales. Se encuentran conservados en el laboratorio de genética de la conservación del Instituto de Investigaciones Alexander von Humboldt.

Datasets

Dataset description
Object name: Darwin Core Archive Secuencias genéticas de  Aves, Hongos, Reptiles, Anfibios, Plantas y Peces, de la expedición Colombia BIO–Vichada
Character encoding: UTF-8
Format name: Darwin Core Archive format
Format version: 1.0
Distribution: http://i2d.humboldt.org.co/archive.do?r=secuencias_colombiabiovichada_2017
Publication date of data: 2024-11-28
Language: Spanish
Licences of use: Libre a nivel interno y externo (Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0)

Metadata language: Spanish
Date of metadata creation: 2018-07-17
Hierarchy level: Dataset