Códigos de barras de ADN de los marcadores Rbcl, ITS, trnh y trnl de plantas colectadas en el pacífico Colombiano

Mailyn González1, Ghislaine Cárdenas2, Infraestructura Institucional de Datos3

1 Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt, Calle 28 A # 15 09, NA, Bogotá, D.C., Colombia; 2 Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt, Carrera 44 # 11 70, Cali, Colombia; 3 Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander Von Humboldt, Calle 28A No. 15-09, Bogotá, D.C., Colombia

Corresponding author(s): Mailyn González (magonzalez@humboldt.org.co), Ghislaine Cárdenas (xicaykero@gmail.com)

Received {date}; Revised {date}; Accepted {date}; Published {date}

Citation: Combination of authors, year of data paper publication (in parentheses), Title, Journal Name, Volume, Issue number (in parentheses), and doi of the data paper.

Resource Citation

Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (2016). Códigos de barras de ADN de los marcadores Rbcl, ITS, trnh y trnl de plantas colectadas en el pacífico Colombiano. 150 registros, aportados por: González, M. (Contacto del recurso, Autor), Mendoza, A. (Creador del recurso, Autor), Cárdenas, G. (Proveedor de metadatos, creador del recurso). Version 2.0. http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=secuencias_plantae_2016 http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=secuencias_plantae_2016

Abstract

I2D-BIO_2016_063.

Datos de secuencias genéticas para 4 códigos de barras (rbcL, trnL, trnH e ITS), generadas en 150 especímenes de plantas colectados en el marco del proyecto Bioredd en las localidades: Pie de Pepe, Mutatá, Cajambre y Bahía Málaga. La extracción y amplificación del ADN fue realizada en el laboratorio de biología molecular del Instituto Humboldt usando cebadores estándar y la secuenciación se realizó en la empresa Macrogen (Corea)

Keywords: códigos de barra de la vida, ADN, secuencia, Rbcl, ITS, trn-L, trn-H, plantas, Bold, Specimen, Occurrence

General description

Purpose: Prestar los servicios profesionales para organizar, procesar y editar secuencias genéticas en el marco de los proyectos adelantados por el Laboratorio de Genética de la Conservación del Instituto Humboldt, identificados en el presente documento. Lo anterior de conformidad con los términos de referencia, los cuales hacen parte integral del presente contrato.
Additional information: Asociado al recurso, se incorporó dentro de la Infraestructura Institucional de Datos del Instituto Humboldt, las secuencias en formato fasta y ficha metodológica.

Project details

Project title: Obtención de información genética de especies vegetales del Pacífico colombiano
Personnel: Mailyn González
Funding: Contrato Nº. 16-16-0081-047PS Proyecto Bioredd+
Study area descriptions/descriptor: Pacífico Colombiano. Valle del cauca, Antioquia, Chocó
Design description: El objetivo del proyecto fue generar indicadores de diversidad filogenética en plantas de cuatro localidades del pacífico colombiano.

Data published through GBIF: http://i2d.humboldt.org.co/resource?r=secuencias_plantae_2016

Taxonomic coverage

General taxonomic coverage description: Las secuencias cubren 150 registros de 18 órdenes de plantas de los phylum Magnoliophyta y Cycadophyta. Apiales (1 especie y especímen), Aquifoliales (1 especie y especímen), Arecales (1 especie y especímen), Cycadales (1 especie, 2 especímenes), Ericales (14 especies, 17 especímenes), Fabales (14 especies, 18 especímenes), Gentianales (5 especies, 6 especímenes), Lamiales (1 especie y espécimen), Laurales (4 especies, 5 especímenes), Magnoliales (12 especies, 13 especímenes), Malpighiales (29 especies, 40 especímenes), Malvales (8 especies, 13 especímenes), Myrtales (6 especies, 8 especímenes), Oxalidales (1 especie y espécimen), Rosales (11 especies, 13 especímenes), Santalales (1 especie y espécimen), Sapindales (8 especies y especímenes), Solanales (1 especie y espécimen).
Taxonomic ranks
Phylum: Magnoliophyta, Cycadophyta

Spatial coverage

General spatial coverage: Los tejidos utilizados provienen de muestras de plantas colectadas en 4 localidades del Pacífico Colombiano: Bahía Málaga, Mutata, Pie de Pepe, y Cajambre, ubicadas en los departamentos de Valle del Cauca, Antioquia, Chocó y Valle del Cauca, respectivamente. Estas localidades fueron visitadas como parte del proyecto Bioredd.
Coordinates: 1°33'0''N and 7°36'36''N Latitude; 78°49'12''W and 75°46'48''W Longitude 

Temporal coverage: July 1, 2014 - February 26, 2015

Natural collections description

Parent collection identifier: IAvH
Collection name: Herbario Federico Meden Bogotá, Colección de Tejidos del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Collection identifier: FMB, CT-IAvH
Specimen preservation method: Dried and pressed

Methods

Method step description: Primero se realizó la extracción de ADN: Esto se llevó a cabo siguiendo dos metodologías. La publicada por Ivannova et al 2008 y el kit comercial de Qiagen. Posterior a la extracción de ADN se realizó la amplificación de los códigos de barras que correspondieron a los genes Rbcl, ITS, trnl y trnh. La amplificación se realizó usando protocolos y cebadores estándar para códigos de barras de plantas. (Cebadores ITS-17f/ITS-26r, TrnL-c/TrnL-d, trnH-psbA-3f/ trnH-psbA-f, Rbcl3f/Rbclr724). Una vez obtenidos los productos de la amplificación se realizó una purificación de los mismos usando un kit comercial (FastAP-EXO) y posteriormente se envió a secuenciación. La secuenciación se realizó mediante metodología Sanger en la la empresa Macrogen, Corea. Una vez obtenidas las secuencias se limpiaron y ensamblaron usando el programa Geneious
Study extent description: Las secuencias de ADN corresponden a especímenes de plantas colectadas en el pacífico colombiano en los departamentos de Valle del Cauca, Chocó y Antioquia.
Sampling description: Los tejidos utilizados fueron colectados en bolsas de papel y preservados en sílice gel bajo el proyecto Bioredd.
Quality control description: Las secuencias fueron limpiadas usando el software Geneious y solo se guardaron las secuencias que tenían mínimo un cromatograma de calidad media o alta.

Metadata language: Spanish
Date of metadata creation: 2016-06-20
Hierarchy level: Dataset