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Corporación CorpoGen, Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (2018). Caracterización genética de la biodiversidad a través de ADN ambiental Metabarcoding - Proyecto Colombia Bio. 126 eventos. Aportados por: González, MA. (Investigador principal), Tenorio-Moreno, EA. (Procesador), Tovar-Luque, E. (Procesador), Mongui, A. (Procesador), Anzola, J. (Programador), Pulido-Santacruz, P. (Investigador principal) . Versión 1.0. http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=adn_suelo_2018
Palabras clave
metabarcoding; secuenciación Masiva de Alto Rendimiento; next generation sequencing; DNA ambiental; suelos; Colombia Bio; Occurrence; Other
Datos externos
Los datos del recurso también están disponibles en otros formatos
| Protocolo para la secuenciación de la región V3-V4 del 16S rRNA bacteriano extracelular | http://repository.humboldt.org.co/handle/20.500.11761/34290 utf-16 pdf |
|---|---|
| Protocolo para secuenciar marcadores de plantas, hongos, insectos y otros eucariotas a partir de ADN extracelular de suelos | http://repository.humboldt.org.co/handle/20.500.11761/34289 http://repository.humboldt.org.co/handle/20.500.11761/34289 pdf |
| Protocolo para la secuenciación del gen COX1 de insectos | http://hdl.handle.net/20.500.11761/34288 utf-16 pdf |
Contactos
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Cobertura geográfica
Colombia, Antioquia, El Carmen de Viboral Colombia, Santander, El Peñon Colombia, Vichada, Puerto Carreño
| Coordenadas límite | Latitud Mínima Longitud Mínima [5,53, -75,2], Latitud Máxima Longitud Máxima [6,09, -68,423] |
|---|
Cobertura taxonómica
630 registros correpondientes a Bacteria (126), Fungi (126), Plantae (126) y Animalia (252) de los cuales 126 son del filo Insecta.
| Reino | Bacteria, Animalia, Fungi, Plantae |
|---|---|
| Filo | Insecta |
Cobertura temporal
| Fecha Inicial / Fecha Final | 2016-08-16 / 2017-04-01 |
|---|
Datos del proyecto
No hay descripción disponible
| Título | Caracterización de biodiversidad para el fortalecimiento de colecciones científicas y la generación de información genética de la biodiversidad colombiana, en el marco del programa Colombia BIO. |
|---|---|
| Fuentes de Financiación | Colombia BIO. Convenio especial de cooperación No. FP44842-109-2016 del 2016. Aunar esfuerzos para caracterizar la biodiversidad en áreas de interés científico y con baja información biológica, para el fortalecimiento de colecciones científicas y la generación de información genética de la biodiversidad Colombiana, en el marco del programa Colombia BIO. Convenio de Cooperación entre la corporación CorpoGen y el Instituto Humboldt No. 17-16-062-075CE |
| Descripción del área de estudio | La zona de muestreo se encuentra localizada en un clima cálido húmedo el municipio de Puerto Carreño (Vichada). La elevación oscila entre los 100 y 121 m s. n. m. Predominan coberturas de herbazales y bosques de galería. Debido a que el muestreo se llevó a cabo al final de la época seca, se tuvo la posibilidad de acceder en aguas bajas. Durante la Expedición al Río tomo en desembocadura del caño Terecay, se abordó un área de 14925.801813 ha en 20 localidades de muestreo, en las que se lograron acceder a ocho ecosistemas que reúnen características importantes y representativas de la región oriniquense: mata de monte, río Tomo, sabana, laguna, caño, bosque de rebalse, morichal y madrevieja. |
Personas asociadas al proyecto:
Métodos de muestreo
Método de muestreo en campo. 1. Establecer una cuadrilla de 4 x 4 puntos separados entre ellos por 1 m. 2. Remover la hojarasca que cubre cada punto de la cuadrícula. 3. Tomar una muestra de suelo de 10 cm de profundidad en cada punto. 4. Depositar las 16 muestras de suelo en una bolsa plástica grande. 5. Homogenizar todo el contenido agitando la bolsa varios minutos. 6. Tomar tres muestras de 15 g cada una a partir de la muestra de suelo homogenizada. 7. Depositar cada submuestra en una bolsa de tela porosa para estampar. 8. Almacenar las submuestras en una bolsa plástica mediana con gel de sílice. 9. Almacenar el resto de la muestra de suelo refrigerada hasta realizar análisis fisicoquímicos. Método de extracción de ADN ambiental a partir de muestras de suelo: 1. Pesar 15 g de muestra de suelo en una balanza. 2. Transferir la muestra a un tubo de 50 ml. 3. Adicionar 15 ml de buffer fosfato a cada tubo. 4. Mezclar la solución de buffer con suelo por 15 minutos. Asegurarse que toda la muestra de suelo se mezcle y no se sedimente. 5. Submuestrear 2 ml de solución en un tubo de 2 ml y centrifugar por 10 minutos a 10000 gravedades. El tubo de 15 ml se puede centrifugar directamente si se cuenta con una centrífuga adecuada. 6. Ubicar las columnas verdes (kit Nucleospin) dentro del colector al vacío con adaptadores. 7. Tomar 800 μl de sobrenadante y depositarlos en un tubo colector nuevo con tapa, añadir 400 μl de buffer SB y mezclar en vortex por 5 segundos. 8. Cargar ~600 μl de mezcla en la columna de suelo (anillo verde, NucleoSpin). 9. Filtrar al vacío. 10. Repetir los pasos 8 y 9 usando la misma columna para incrementar la concentración de ADN. 11. Añadir 500 μl de buffer SB y filtrar la vacío. 12. Añadir 550 μl de buffer SW1 (kit NucleoSpin) y filtrar al vacío. 13. Añadir 750 μl de buffer SW2 (kit NucleoSpin) y filtrar la vacío. No olvidar añadir etanol al buffer SW2 la primera vez. 14. Ubicar la columna en un tubo colector y centrifugar por 30 segundos a 11000 gravedades para secar la membrana (opcional). 15. Ubicar la columna con el adaptador (con parafilm) en una envoltura de papel y almacenarla en gel de sílice para transportar. 16. Repetir los pasos 6 al 15 con las muestras control. Recomendaciones Usar guantes y tapabocas durante todo el procedimiento. Preparar el buffer fosfato el mismo día que se realice el procedimiento. Método de laboratorio molecular y bioinformático Se generaron tres protocolos de laboratorio molecular y protocolos bioinformáticos para análisis de secuencias genéticas. Todos los protocolos se pueden consultar previa solicitud con a la persona o institución responsable por custodiar o mantener el conjunto de datos.
| Área de Estudio | 1. Colombia, Santander, El Peñon, Vereda El Gaital. Se recolectaron muestras de suelo en diferentes tipos de hábitat: exocárstico, robledal. Usando como método de muestreo una cuadrilla de 4 x 4 m. 2. Colombia, Antioquia, Carmen de Viboral, Vereda El Porvenir. Se recolectaron muestras de suelo en bosque altoandino. Usando como método de muestreo una cuadrilla de 4 x 4 m. 3. Colombia, Vichada, Puerto Carreño. Se recolectaron muestras de suelo en diferentes tipo de hábitat: sabana, rupícola, morichal, bosque tierra firme. Usando como método de muestreo una cuadrilla de 4 x 4 m. |
|---|---|
| Control de Calidad | Se tomaron tres muestras de 15 g a partir de una única muestra de suelo homogenizada (3 replicas). Asimismo, en laboratorio se tuvo un control para cada sitio de muestreo. |
Descripción de la metodología paso a paso:
- Se generaron tres protocolos de laboratorio molecular y varios protocolos bioinformáticos que se pueden consultar previa solicitud con a la persona o institución responsable por custodiar o mantener el conjunto de datos.
Metadatos adicionales
| Propósito | Aunar esfuerzos técnicos, administrativos y financieros entre el Instituto Humboldt y la Corporación CorpoGen para caracterizar por medio de metabarcoding la diversidad de plantas, vertebrados, hongos y bacterias en las zonas exploradas por el Instituto Humboldt en el marco del proyecto Colombia Bio y diseñar una estrategia de secuenciación de códigos de barras genéticos de insectos recolectados con trampas Malaise utilizando tecnología de secuenciación masiva de alto rendimiento. |
|---|---|
| Identificadores alternativos | http://i2d.humboldt.org.co/resource?r=adn_suelo_2018 |