Códigos de barras de ADN del marcador COI de aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt

Tipo de acceso a la información: Libre a nivel interno y externo (Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0)

I2D-BIO_2014_IN034. Este recurso contiene la información asociada a 291 secuencias código de barras (gen COI, región barcode), para aves que se encuentran principalmente en la colección de ornitología del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt y cuyos tejidos (musculo, hígado etc.) se encuentran en la colección de tejidos del mismo instituto. La extracción y amplificación del ADN fue realizada en el laboratorio de biología molecular del Instituto Humboldt usando cebadores estándar y la secuenciación se realizó en la Universidad de los Andes y en la empresa Macrogen (Corea). Todos los especímenes fueron fotografiados y las fotos se encuentran en la base de datos de boldsystems.org.

Resumen
Fecha de publicación May 16, 2017
Versión 13 (última)
Archivo Darwin Core descargar (34 KB ) 291 registros
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Registro GBIF No registrado
Palabras Clave
código de barras; ADN; secuencia; COI; aves; colección biológica; bold; Other; Specimen
Idioma
Idioma de los metadatos Español
Idioma del recurso Español
Enlaces Externos
URL del recursohttp://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=colombia_aves_2014_adn_coi
Aves iBoldhttp://boldsystems.org/index.php/Login/page?destination=MAS_Management_OpenProject%3Fcode%3DIAVHB NA NA
Códigos de barras de ADN del marcador COI de aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldthttp://doi.org/10.15472/blkufs UTF-8 txt
Contacto del Recurso
NombreMailyn González
PosiciónInvestigador Titular
OrganizaciónInstituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Dirección Calle 28A #15-09, Bogotá, D.C., Bogotá, D.C., COLOMBIA, Código postal: 111311.0
Contactomagonzalez@humboldt.org.co Tel: (571)3202767
Página Webhttp://www.humboldt.org.co
Creador del Recurso
NombreMailyn González
PosiciónInvestigador Titular
OrganizaciónInstituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Dirección Calle 28A #15-09, Bogotá, D.C., Bogotá, D.C., COLOMBIA, Código postal: 111311.0
Contactomagonzalez@humboldt.org.co Tel: (571)3202767
Página Webhttp://www.humboldt.org.co
Proveedor de Metadatos
NombreAndrea Paz
PosiciónInvestigador Asistente
OrganizaciónInstituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Dirección Calle 28A #15-09, Bogotá, D.C., Bogotá, D.C., COLOMBIA, Código postal: 111311.0
Contactoapaz@humboldt.org.co Tel: (571)3202767
Página Webhttp://www.humboldt.org.co
Parte Asociada 1
Nombre Infraestructura Institucional de Datos
OrganizaciónInstituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Dirección Calle 28A #15-09, Bogotá, D.C., Bogotá, D.C., COLOMBIA
Contactoi2d@humboldt.org.co Tel: (571)3202767
Página Webhttp://humboldt.org.co
Rol Custodio de los Datos
Parte Asociada 2
NombreÁngela María Mendoza Henao
PosiciónInvestigadora Asistente I
OrganizaciónInstituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Dirección Km17 Recta Cali-Palmita- CIAT, Palmira, Valle del Cauca, COLOMBIA
Contactoamendoza@humboldt.org.co Tel: (57-2)4450174
Página Webhttp://humboldt.org.co
Rol Proveedor de Contenido
Cobertura Geográfica
DescripciónLas secuencias de este recurso corresponden a aves que fueron colectadas a lo largo y ancho del territorio nacional.
Coordenadas-4.27, 12.59 / -79.17, -66.9 (Latitud mínima, máxima / Longitud mínima/máxima)
Cobertura Taxonómica
Descripción Las secuencias cubren 8 órdenes de aves. Apodiformes (100 especies, 189 especímenes), Ciconiiformes (6 especies, 7 especímenes) ,Falconiformes (6 especies, 7 especímenes), Passeriformes (4 especies, 5 especímenes), Piciformes (1 especie, 1 especímen), Psittaciformes (35 especies, 68 especímenes), Strigiformes (7 especies, 13 especímenes), Anseriformes (1 especie, 1 especímen).
Orden Apodiformes, Psittaciformes, Strigiformes, Falconiformes, Passeriformes, Anseriformes, Ciconiiformes, Piciformes
Cobertura Temporal
Fecha inicial / Fecha final2013-07-16 / 2014-10-07
Datos del Proyecto
TítuloCódigos de barras de ADN de las aves de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
(Personal) Nombre Andrea Paz
(Personal) Rol Publicador
Fuentes de financiaciónIDRC Small Grants
Descripción del área de estudioTerritorio nacional de Colombia.
Descripción del proyectoEl proyecto pretendía generar los códigos de barras de ADN de las aves de la colección de tejidos del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Métodos de Muestreo
Área de estudioLas secuencias de este recurso corresponden a aves que fueron colectadas a lo largo y ancho del territorio nacional.
Descripción del muestreoLos tejidos utilizados provienen de aves de la colección de ornitología de Villa de Leyva. Algunos de estos tejidos fueron tomados en campo (músculo, hígado, corazón) previo a la prepración de loes especimenes otros fueron tomados de las patas de los especimenes ya preparados en el museo.
Control de calidadLas secuencias fueron limpiadas usando el software Geneious y solo se guardaron las secuencias que tenían mínimo un electroferograma de calidad media o alta
Metodología paso a paso 1Extracción de ADN: Mediante uso de un protocolo para extracción con columnas (modificado del CBOL)
Metodología paso a paso 2Amplificación de COI: La amplificación se realizó usando protocolos y cebadores estándar para códigos de barras de aves. (Cebadores FalcoFA y VR1)
Metodología paso a paso 3Secuenciación de COI: La secuenciación se realizó mediante metodología Sanger en la Universidad de los Andes usando los cebadores FalcoFA y VR1
Metodología paso a paso 4Limpieza y ensamblaje de secuencias: Las secuencias se limpiaron y ensamblaron usando el programa Geneious
Metodología paso a paso 5En la versión 4 del conjunto de datos se eliminaron las siguientes muestras: Al no haber secuencia disponible: IAvH-CT-11233, IAvH-CT-13073, IAvH-CT-1872, IAvH-CT-2418, IAvH-CT-508, IAvH-CT-7518, IAvH-CT-757, IAvH-CT-7938, IAvH-CT-822.// Al no corresponder la secuencia con la especie (posible contaminación): IAvH-CT-13118, IAvH-CT-14626, IAvH-CT-14631, IAvH-CT-2389, IAvH-CT-2424, IAvH-CT-2434, IAvH-CT-2496, IAvH-CT-2555, IAvH-CT-5339, IAvH-CT-96.
Referencias
Identificador de la citación para este recurso http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=colombia_aves_2014_adn_coi
Cómo citar este recurso Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (2014). Códigos de barras de ADN del marcador COI de las aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt. 291 registros, aportadas por: González, M. (Contacto del recurso, Creador del recurso), Paz, A. (Contacto del recurso, Proveedor de metadatos). Versión 12.0. http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=colombia_aves_2014_adn_coi
Identificador de la referencia http://dx.doi.org/10.1098/rspb.2002.2218
Referencia Hebert P, Cywinska A, Ball S, deWaard J (2003) Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences, 270, 313–321.
Identificador de la referencia http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/270/Suppl_1/S96.abstractN2%20-%20With%20millions%20of%20species%20and%20their%20life-stage%20transformations,%20the%20animal%20kingdom%20provides%20a%20challenging%20target%20for%20taxonomy.%20Recent%20work%20has%20suggested%20that%20a%20DNA-based%20identification%20system,%20founded%20on%20the%20mitochondrial%20gene,%20cytochrome%20c%20oxidase%20subunit%201%20(COI),%20can%20aid%20the%20resolution%20of%20this%20diversity.%20While%20past%20work%20has%20validated%20the%20ability%20of%20COI%20sequences%20to%20diagnose%20species%20in%20certain%20taxonomic%20groups,%20the%20prese
Referencia Hebert P, Ratnasingham S, de Waard JR (2003) Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences, 270, S96–S99.
Datos de la Colección
Nombre de la colecciónColección de Ornitología, Colección de tejidos Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Identificador de la colecciónIAvH-BT, IAvH-A
Identificador de la colección parentalIAvH
Método de preservación de los especímenes Otro
Metadatos Adicionales
Nivel de jerarquíadataset
PropósitoGenerar los códigos de barras de ADN de las aves de la colección de tejidos del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Información asociada y/o adicionalAsociado al recurso, se incorporó dentro de la Infraestructura Institucional de Datos del Instituto Humboldt, las secuencias en formato fasta.