Registros biológicos de especies de plantas del Bosque Seco en Colombia presentes en el Herbario JBGP

Tipo de acceso a la información: Libre a nivel interno y externo (Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0)

I2D-BIO_2016_042. Registros biológicos del herbarios de la Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres" correspondiente al producto No. 3 del convenio de cooperación Humboldt-JBGP No. 15-12-067-267CE, cuyo objeto es realizar actividades de sistematización de registros biológicos y digitalización de imágenes de especímenes botánicas referidas a la flora del bosque seco colombiano, como insumos para sentar las bases del análisis de riesgo de extinción de la flora de Colombia. Fueron 3753 registros pertenecientes a 1308 especies, 710 géneros y 140 familias, registradas en los departamentos de Amazonas, Antioquia, Archipiélago de San Andrés, Providencia y Santa Catalina, Atlántico, Bolívar, Caldas, Cesar, Chocó, Córdoba, La Guajira, Magdalena, Meta, Nariño, Quindío, Sucre, Valle del Cauca

Resumen
Fecha de publicación May 16, 2017
Versión 6 (última)
Archivo Darwin Core descargar (401 KB ) 3753 registros
EML descargar (48 KB)
RTF descargar (26 KB)
Registro GBIF No registrado
Palabras Clave
Occurrence; Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres"; especies amenazadas; especies endémicas; BsT; biodiversidad; Specimen
Idioma
Idioma de los metadatos Español
Idioma del recurso Español
Contacto del Recurso
NombreCarolina Castellanos
PosiciónInvestigador Adjunto
OrganizaciónInstituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Dirección Avenida Paseo Bolivar 16-20, Bogotá, D.C., Bogotá, D.C., COLOMBIA
Contactoccastellanos@humboldt.org.co Tel: 3202767
Creador del Recurso
NombreNicolás Rodríguez
PosiciónCoordinador Herbario
OrganizaciónFundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres"
Dirección Sector Matute, Turbaco, Bolívar, COLOMBIA
Contactoherbario@jbgp.org.co
Página Webhttp://www.jbgp.org.co
Proveedor de Metadatos
NombreNicolás Rodríguez
PosiciónCoordinador Herbario
OrganizaciónFundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres"
Dirección Sector Matute, Turbaco, Bolívar, COLOMBIA
Contactoherbario@jbgp.org.co
Página Webhttp://www.jbgp.org.co
Parte Asociada 1
NombreMaria Paula Contreras
PosiciónAsistente Herbario
OrganizaciónFundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres"
Dirección Sector Matute, Turbaco, Bolívar, COLOMBIA
Rol Proveedor de Contenido
Parte Asociada 2
NombreYeison Herrera
PosiciónAsistente Herbario
OrganizaciónFundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres"
Dirección Sector Matute, Turbaco, Bolívar, COLOMBIA
Contactoyeiheme@hotmail.com
Rol Proveedor de Contenido
Parte Asociada 3
Nombre Infraestructura Institucional de Datos
OrganizaciónInstituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander Von Humboldt
Dirección Calle 28A No. 15-09, Bogotá, D.C., Bogotá, D.C., COLOMBIA
Contactoi2d@humboldt.org.co Tel: 3202767
Página Webhttp://www.humboldt.org.co
Rol Custodio de los Datos
Parte Asociada 4
Nombre Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres"
OrganizaciónFundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres"
Dirección Sector Matute, Turbaco, Bolívar, COLOMBIA
Contactodireccion@jbgp.org.co
Página Webhttp://www.jbgp.org.co
Rol Propietario
Cobertura Geográfica
DescripciónRegistros biológicos de especies de plantas de bosque seco tropical depositadas en el herbario JBGP y registradas en los departamentos de Amazonas, Antioquia, Archipiélago de San Andrés, Providencia y Santa Catalina, Atlántico, Bolívar, Caldas, Cesar, Chocó, Córdoba, La Guajira, Magdalena, Meta, Nariño, Quindío, Sucre, Valle del Cauca
Coordenadas-3.807, 13.35 / -81.718, -70.304 (Latitud mínima, máxima / Longitud mínima/máxima)
Cobertura Taxonómica
Descripción Registro biológicos de plantas del bosque seco colombiano depositados en el Herbario JBGP, que corresponden a 3753 registros pertenecientes a 1308 especies, 710 géneros y 139 familias. Se utilizó el código APG III como sistema de clasificación de las especies. Las actualizaciones nomenclaturales se realizaron utilizando la herramienta Taxonomic Name Resolution Service v4.0 (http://tnrs.iplantcollaborative.org/TNRSapp.html)
Familia Acanthaceae, Achariaceae, Achatocarpaceae, Actinidiaceae, Aizoaceae, Alismataceae, Amaranthaceae, Amaryllidaceae, Anacardiaceae, Annonaceae, Apocynaceae, Aquifoliaceae, Araceae, Araliaceae, Arecaceae, Aristolochiaceae, Aspleniaceae, Asteraceae, Batidaceae, Begoniaceae, Bignoniaceae, Bixaceae, Boraginaceae, Bromeliaceae, Burseraceae, Buxaceae, Cactaceae, Calophyllaceae, Campanulaceae, Cannabaceae, Cannaceae, Capparaceae, Cardiopteridaceae, Caryocaraceae, Celastraceae, Chrysobalanaceae, Clethraceae, Clusiaceae, Combretaceae, Commelinaceae, Connaraceae, Convolvulaceae, Costaceae, Cucurbitaceae, Cyatheaceae, Cyclanthaceae, Cyperaceae, Dilleniaceae, Dioscoreaceae, Ebenaceae, Elaeocarpaceae, Erythroxylaceae, Euphorbiaceae, Fabaceae, Gentianaceae, Gesneriaceae, Gleicheniaceae, Goupiaceae, Haemodoraceae, Heliconiaceae, Hernandiaceae, Hymenophyllaceae, Hypericaceae, Icacinaceae, Lacistemataceae, Lamiaceae, Lauraceae, Lecythidaceae, Linderniaceae, Loasaceae, Loganiaceae, Loranthaceae, Lythraceae, Malpighiaceae, Malvaceae, Marantaceae, Melastomataceae, Meliaceae, Menispermaceae, Molluginaceae, Moraceae, Muntingiaceae, Myristicaceae, Myrtaceae, Nyctaginaceae, Ochnaceae, Olacaceae, Onagraceae, Opiliaceae, Orchidaceae, Orobanchaceae, Oxalidaceae, Passifloraceae, Pedaliaceae, Peraceae, Phyllanthaceae, Phytolaccaceae, Piperaceae, Plantaginaceae, Plumbaginaceae, Poaceae, Polygalaceae, Polygonaceae, Polypodiaceae, Pontederiaceae, Portulacaceae, Primulaceae, Proteaceae, Pteridaceae, Rhamnaceae, Rubiaceae, Rutaceae, Salicaceae, Santalaceae, Sapindaceae, Sapotaceae, Schizaeaceae, Scrophulariaceae, Selaginellaceae, Simaroubaceae, Siparunaceae, Smilacaceae, Solanaceae, Sphenocleaceae, Staphyleaceae, Surianaceae, Talinaceae, Tetrameristaceae, Trigoniaceae, Typhaceae, Ulmaceae, Urticaceae, Verbenaceae, Violaceae, Vitaceae, Vochysiaceae, Zamiaceae, Zingiberaceae, Zygophyllaceae
Cobertura Temporal
Fecha inicial / Fecha final1966-07-20 / 2016-05-11
Datos del Proyecto
TítuloImplementación de un sistema para el análisis del riesgo de extinción de las especies silvestres de Colombia
(Personal) Nombre Carolina Castellanos
(Personal) Rol Investigador Principal
Fuentes de financiaciónConveio No. 15-12-067-267CE,entre el Instituto Alexander von Humboldt y Fundación Jardín Botánico “Guillermo Piñeres” (JBGP).
Descripción del área de estudioRegistros biológicos de plantas del bosque seco tropical depositadas en el Herbario JBGP y registradas en los departamentos de Amazonas, Antioquia, Archipiélago de San Andrés, Providencia y Santa Catalina, Atlántico, Bolívar, Caldas, Cesar, Chocó, Córdoba, La Guajira, Magdalena, Meta, Nariño, Quindío, Sucre, Valle del Cauca
Descripción del proyectoDiseñar un sistema de gestión que permita la consolidación, análisis y acceso libre de información biológica y ecológica de las especies silvestres de Colombia, para la evaluación de su estado de conservación a nivel nacional con una mayor rigurosidad, periodicidad, sostenibilidad e impacto. Para la conformación de este sistema se identificaron actividades a desarrollar en cuatro líneas de trabajo: operativa, metodológica, tecnológica y de impacto. La línea metodológica está relacionada con la generación de un marco técnico para la consolidación y estructuración de información biológica necesaria para el análisis de riesgo de extinción proveniente de diferentes fuentes que permita su publicación en plataformas en línea. Adicionalmente, en el marco de esta iniciativa se determinó que para realizar la evaluación del estado de conservación de la flora en el país era necesario: 1) priorizar las especies endémicas de ecosistemas estratégicos, específicamente páramos y bosque seco tropical, y 2) incrementar el apoyo en términos financieros e institucionales para la publicación de información de registros biológicos y digitalización de especímenes depositada en herbarios regionales.
Métodos de Muestreo
Área de estudioEjemplares botánicos del bosque seco en Colombia depositadas en el herbario de la Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres" (JBGP), ubicado en el municipio de de Turbaco (Bolívar)
Descripción del muestreoLos datos contenidos en este recurso pertenecen a ejemplares de bosque seco en Colombia presentes en la colección JBGP que fueron digitalizados y compartidos en el "Herbario JBGP", a través de Flickr. Los exicados fueron seleccionados según un listado de especies del bosque seco tropical. Estos ejemplares se seleccionaron en la base de datos del herbario, posteriormente se ubicaron en la colección y finalmente fueron fotografiados, según protocolos proporcionados por supervisor de convenio.
Control de calidadPara los especímenes se hizo una revisión de la ortografía de las especies, sitios de colecta y colectores, una revisión y actualización del estado nomenclatural de los nombres científicos. Revisión, ajuste y asignación de coordenadas geográficas. Para las fotografías se controló la calidad requerida, se confirmó el enfoque y la exposición. Se revisaron manchas o rayas y desajustes entre los nombres de los archivos.
Metodología paso a paso 1Se usaron tres listas de especies de bosque seco disponibles en la literatura: una proveniente del listado de especies publicado en el libro El Bosque Seco Tropical en Colombia (Pizano y García, 2014), otra proveniente del listado de especies del caribe sensu Jacquin (Madriñan, 2013) y finalmente un listado de la ocurrencia de especies dentro de un polígono trazado en el Caribe Colombiano usando la plataforma GBIF (GBIF, 2015). De las tres bases de datos se obtuvo un listado (BsTCaribe) con 2779 especies con presencia en el Caribe y el Bosque Seco Colombiano, los nombres y los autores de esta lista fueron validados usando la Herramienta Taxonomic Name Resolution Service v4.0 (TNRS, 2015).
Metodología paso a paso 2Validación: se creó una matriz de Identidades. Esta matriz es un subconjunto de datos de la Matriz Madre del Herbario compuesta por los registros de cada uno de los especímenes pertenecientes a especies del bosque seco. Los campos de esta matriz corresponde a los campos de la plantilla de formato Darwin Core que presentan sólo información de registro y taxonómica, como los datos de colector, identificación y descripción de los especímenes así como la familia y el orden, ente otros. Sobre esta matriz se comenzó a trabajar el proceso de validación de los datos y su concordancia con los que presentan los especímenes en físico, este proceso consiste en completar los vacíos de información, corregir errores de escritura, completar con los nombres nuevos y correctos, y adicionar información nueva (i.e. colectores asociados, previas identificaciones, otros números de catálogo). En total se validó la información para 4568 registros biológicos, de los cuales 3753 corresponden a registros únicos, los demás son duplicados.
Metodología paso a paso 3Georreferenciación: se creó una matriz para la Georreferenciación, pero solo con campos asociados a la localidad. Sobre esta matriz se hizo el proceso de georreferenciación, el cual estuvo dividido en varias etapas siguiendo el protocolo publicado por el Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt y el Instituto de Ciencias Naturales, Universidad Nacional de Colombia (Escobar et al., 2014): 1) estandarización de las localidades para que todas quedaran escritas y ordenadas de forma coherente y homogénea, 2) asignación de nivel de calidad, el cual depende de que tan completa es la información sobre el lugar donde hizo la colecta (i.e. que tenga o no coordenadas geográficas, que tenga datos de localidad específica) y 3) validación de las coordenadas – en caso de tener – o a asignar unas nuevas, ya sea porque las originales no coinciden o porque no existían. Una vez obtenida la coordenada se calculó el nivel de incertidumbre. En total se georreferenciaron 4493 registros biológicos.
Metodología paso a paso 4Estructuración de matriz formato Darwin Core: las matrices Identidades y Georreferenciación fueron utilizadas para alimentar los datos de la Matriz Madre del Herbario la cual se reestructuró siguiendo el estándar Darwin Core. Luego de migrar los datos provenientes de ambas matrices, se hizo una última revisión del formato y se corrigieron algunas inconsistencias. De esta forma, el nuevo conjunto de datos incluyó la información complementaria proveniente de la actualización taxonómica y la georreferenciación de todos los registros de bosque seco.
Metodología paso a paso 5Digitalización de especímenes: luego de la revisión de los protocolos de captura de Imágenes y de las sugerencias hechas por la supervisora del convenio, se desarrolló un nuevo protocolo con los siguientes parámetros: • Altura del brazo de la cámara: 81.9 cm • Luces: Luz lateral izquierda, luz lateral derecha y luz trasera • Velocidad de obturación: 1/40 • Apertura del diafragma: 11 f • Modo de enfoque: Automático, multifocal • Tipo de luz: Personalizada, calibrada con el gris más claro de la paleta de colores En total se fotografiaron 4559 registro biológicos. A las imágenes generadas en formato RAW se les aplicó la receta de edición y luego se exportan a formato JPEG. De la totalidad de las imágenes, se seleccionaron las fotografías correspondientes a los 3753 registros bilógicos únicos, estas fueron publicadas en la página del Herbario JBGP dentro del portal Flickr y se encuentran disponibles en el siguiente enlace: https://www.flickr.com/photos/134525203@N05/. Así mismo, se integró a las matriz Darwin Core el link correspondiente a cada uno de los registros.
Referencias
Identificador de la citación para este recurso http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=rrbb-imagen_bs_plantae_2016
Cómo citar este recurso Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres", Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (2016). Registros biológicos de especies de plantas del Bosque Seco en Colombia presentes en el Herbario JBGP. 3752 registros, aportados por: Castellanos, C. (Contacto del recurso), Rodríguez, N. (Creador del recurso, Proveedor de metadatos). Versión 5.0. http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=rrbb-imagen_bs_plantae_2016
Referencia Escobar D, Díaz SR, Jojoa LM, Rudas E, Albarracín RD, Ramírez C, Gómez JY, López CR, Saavedra J (2014). Georreferenciación de localidades: Una guía de referencia para colecciones biológicas. Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt – Instituto de Ciencias Naturales, Universidad Nacional de Colombia. Bogotá D.C., Colombia.
Referencia GBIF Data Portal, www.gibif.net 2015.
Referencia Madriñán, S. 2013. Nikolaus Joseph Jacquin’s American Plants: Botanical Expedition to the Caribbean (1754–1759) and the Publication of the Selectarum Stirpium Americanarum Historia. Brill, Leiden.
Referencia Pizano C. & H. García. 2014. El Bosque Seco Tropical en Colombia. Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (IAVH). Bogotá, Colombia.
Referencia The Taxonomic Name Resolution Service [Internet]. iPlant Collaborative. Version 4.0 [Ingreso: 23 Nov 2015]. Disponible en: http://tnrs.iplantcollaborative.org
Datos de la Colección
Nombre de la colecciónHerbario JBGP
Identificador de la colecciónJBGP
Identificador de la colección parentalRegistro Nacional de Colecciones: 069
Método de preservación de los especímenes Secado y prensado
Metadatos Adicionales
Nivel de jerarquíadataset
PropósitoAunar esfuerzos técnicos, administrativos y financieros entre el Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt y la Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeeres" (JBGP) para digitalizar, integrar y publicar al menos 3.000 registros e imágenes de colecciones botánicas de la flora del bosque seco tropical, con énfasis en la flora endémica y amenazada, como insumos para la construcción de conocimiento nacional y regional en biodiversidad.
Información asociada y/o adicionalExiste un informe final y un listado taxonómico de las especies de bosque seco presentes en el Herbario JBGP. ambos incorporados a la Infraestructura Institucional de Datos del Instituto Humboldt.