Códigos de barras de ADN del marcador COI de aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt

Occurrence Specimen
Latest version published on May 16, 2017
Home:
http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=colombia_aves_2014_adn_coi
Publication date:
May 16, 2017

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Description

I2D-BIO_2014_IN034. Este recurso contiene la información asociada a 291 secuencias código de barras (gen COI, región barcode), para aves que se encuentran principalmente en la colección de ornitología del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt y cuyos tejidos (musculo, hígado etc.) se encuentran en la colección de tejidos del mismo instituto. La extracción y amplificación del ADN fue realizada en el laboratorio de biología molecular del Instituto Humboldt usando cebadores estándar y la secuenciación se realizó en la Universidad de los Andes y en la empresa Macrogen (Corea). Todos los especímenes fueron fotografiados y las fotos se encuentran en la base de datos de boldsystems.org.

Data Records

The data in this occurrence resource has been published as a Darwin Core Archive (DwC-A), which is a standardized format for sharing biodiversity data as a set of one or more data tables. The core data table contains 291 records.

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Versions

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How to cite

Researchers should cite this work as follows:

Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (2014). Códigos de barras de ADN del marcador COI de las aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt. 291 registros, aportadas por: González, M. (Contacto del recurso, Creador del recurso), Paz, A. (Contacto del recurso, Proveedor de metadatos). Versión 12.0. http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=colombia_aves_2014_adn_coi

Rights

Researchers should respect the following rights statement:

This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC 4.0) License.

GBIF Registration

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Keywords

código de barras; ADN; secuencia; COI; aves; colección biológica; bold; Other; Specimen

External data

The resource data is also available in other formats

Aves iBold http://boldsystems.org/index.php/Login/page?destination=MAS_Management_OpenProject%3Fcode%3DIAVHB NA NA
Códigos de barras de ADN del marcador COI de aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt http://doi.org/10.15472/blkufs UTF-8 txt

Contacts

Mailyn González
  • Originator ●
  • Point Of Contact
  • Investigador Titular
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
  • Calle 28A #15-09
111311.0 Bogotá, D.C.
Bogotá, D.C.
CO
  • (571)3202767
Andrea Paz
  • Metadata Provider
  • Investigador Asistente
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
  • Calle 28A #15-09
111311.0 Bogotá, D.C.
Bogotá, D.C.
CO
  • (571)3202767
Infraestructura Institucional de Datos
  • Custodian Steward
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
  • Calle 28A #15-09
Bogotá, D.C.
Bogotá, D.C.
CO
  • (571)3202767
Ángela María Mendoza Henao
  • Content Provider
  • Investigadora Asistente I
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
  • Km17 Recta Cali-Palmita- CIAT
Palmira
Valle del Cauca
CO
  • (57-2)4450174

Geographic Coverage

Las secuencias de este recurso corresponden a aves que fueron colectadas a lo largo y ancho del territorio nacional.

Bounding Coordinates South West [-4.27, -79.17], North East [12.59, -66.9]

Taxonomic Coverage

Las secuencias cubren 8 órdenes de aves. Apodiformes (100 especies, 189 especímenes), Ciconiiformes (6 especies, 7 especímenes) ,Falconiformes (6 especies, 7 especímenes), Passeriformes (4 especies, 5 especímenes), Piciformes (1 especie, 1 especímen), Psittaciformes (35 especies, 68 especímenes), Strigiformes (7 especies, 13 especímenes), Anseriformes (1 especie, 1 especímen).

Order Apodiformes, Psittaciformes, Strigiformes, Falconiformes, Passeriformes, Anseriformes, Ciconiiformes, Piciformes

Temporal Coverage

Start Date / End Date 2013-07-16 / 2014-10-07

Project Data

No Description available

Title Códigos de barras de ADN de las aves de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Funding IDRC Small Grants
Study Area Description Territorio nacional de Colombia.
Design Description El proyecto pretendía generar los códigos de barras de ADN de las aves de la colección de tejidos del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt

The personnel involved in the project:

Andrea Paz
  • Publisher

Sampling Methods

Los tejidos utilizados provienen de aves de la colección de ornitología de Villa de Leyva. Algunos de estos tejidos fueron tomados en campo (músculo, hígado, corazón) previo a la prepración de loes especimenes otros fueron tomados de las patas de los especimenes ya preparados en el museo.

Study Extent Las secuencias de este recurso corresponden a aves que fueron colectadas a lo largo y ancho del territorio nacional.
Quality Control Las secuencias fueron limpiadas usando el software Geneious y solo se guardaron las secuencias que tenían mínimo un electroferograma de calidad media o alta

Method step description:

  1. Extracción de ADN: Mediante uso de un protocolo para extracción con columnas (modificado del CBOL)
  2. Amplificación de COI: La amplificación se realizó usando protocolos y cebadores estándar para códigos de barras de aves. (Cebadores FalcoFA y VR1)
  3. Secuenciación de COI: La secuenciación se realizó mediante metodología Sanger en la Universidad de los Andes usando los cebadores FalcoFA y VR1
  4. Limpieza y ensamblaje de secuencias: Las secuencias se limpiaron y ensamblaron usando el programa Geneious
  5. En la versión 4 del conjunto de datos se eliminaron las siguientes muestras: Al no haber secuencia disponible: IAvH-CT-11233, IAvH-CT-13073, IAvH-CT-1872, IAvH-CT-2418, IAvH-CT-508, IAvH-CT-7518, IAvH-CT-757, IAvH-CT-7938, IAvH-CT-822.// Al no corresponder la secuencia con la especie (posible contaminación): IAvH-CT-13118, IAvH-CT-14626, IAvH-CT-14631, IAvH-CT-2389, IAvH-CT-2424, IAvH-CT-2434, IAvH-CT-2496, IAvH-CT-2555, IAvH-CT-5339, IAvH-CT-96.

Collection Data

Collection Name Colección de Ornitología, Colección de tejidos Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Collection Identifier IAvH-BT, IAvH-A
Parent Collection Identifier IAvH
Specimen preservation methods Other

Bibliographic Citations

  1. Hebert P, Cywinska A, Ball S, deWaard J (2003) Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences, 270, 313–321. http://dx.doi.org/10.1098/rspb.2002.2218
  2. Hebert P, Ratnasingham S, de Waard JR (2003) Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences, 270, S96–S99. http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/270/Suppl_1/S96.abstractN2%20-%20With%20millions%20of%20species%20and%20their%20life-stage%20transformations,%20the%20animal%20kingdom%20provides%20a%20challenging%20target%20for%20taxonomy.%20Recent%20work%20has%20suggested%20that%20a%20DNA-based%20identification%20system,%20founded%20on%20the%20mitochondrial%20gene,%20cytochrome%20c%20oxidase%20subunit%201%20(COI),%20can%20aid%20the%20resolution%20of%20this%20diversity.%20While%20past%20work%20has%20validated%20the%20ability%20of%20COI%20sequences%20to%20diagnose%20species%20in%20certain%20taxonomic%20groups,%20the%20prese

Additional Metadata

Asociado al recurso, se incorporó dentro de la Infraestructura Institucional de Datos del Instituto Humboldt, las secuencias en formato fasta.

Purpose
Alternative Identifiers http://doi.org/10.15472/blkufs
http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=colombia_aves_2014_adn_coi