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Ecopetrol S.A., Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (2022). Microorganismos aislados de áreas para las conservación en Orinoquía y Magdalena medio del Piedemonte-Casanare y Magdalena Medio - Proyecto FIBRAS. http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=hongos_piedemontemagdalena_2022
Keywords
bacterias; caracterización fenotípica; caracterización molecular; hidrocarbonoclastas; 16s.; Occurrence; Metadata; Specimen
External data
The resource data is also available in other formats
| Caracterización taxonómica y genética de bacterias cultivables del Piedemonte-Casanare y Magdalena Medio - Proyecto FIBRAS | https://ipt.biodiversidad.co/sib/resource?r=ecopetrol-fibras_microorganismos-piedemontemagdalena utf-8 txt |
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Contacts
Who created the resource:
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Geographic Coverage
Zona de Magdalena medio en Santander (7°04′03″N 73°50′50″W) y Piedemonte llanero en Casanare (5°10′08″N, 72°32′48″W)
| Bounding Coordinates | South West [5.131, -73.758], North East [6.88, -72.394] |
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Taxonomic Coverage
Se obtuvo un total de 192 registros biológicos de bacterias distribuidos en 33 Familias, 30 generos . La taxonomía se basó en los resultados obtenidos a partir de Silva; y para cada grupo a nivel genérico se emplearon claves o artículos científicos de Referencia.
| Order | Bacillales, Brevibacillales, Burkholderiales, Caulobacterales, Enterobacterales, Lactobacillales, Micrococcales, Paenibacillales, Propionibacteriales, Pseudomonadales, Rhizobiales, Rhodobacterales, Sphingomonadales, Staphylococales, Streptomycetales, Xanthomonadales |
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Temporal Coverage
| Start Date / End Date | 2021-03-14 / 2022-01-27 |
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Project Data
No Description available
| Title | Proyecto FIBRAS |
|---|---|
| Funding | Convenio FIBRAS, suscrito entre el Instituto Alexander von Humboldt (No. 19-155) y Ecopetrol S.A. (3025877) |
| Study Area Description | Este proyecto comprende áreas correspondientes a los departamentos del Huila, Casanare, Meta y la región del Magdalena Medio. En particular el componente 4b - Genómica, se enfocó en tres núcleos ubicados en los municipios de Neiva (Huila), Aguazul (Casanare), Tauramena (Casanare) , Barrancabermeja (Santander), El Carmen de Chucurí (Santander) y San Vicente de Chucurí. |
| Design Description | El proyecto FIBRAS es un acuerdo de cooperación para la planificación y gestión de la biodiversidad y sus contribuciones al bienestar para cinco áreas del territorio colombiano, bajo criterios de conservación y desarrollo sostenible basados en información científica. Como parte de este convenio surge la conformación de seis Ecoreservas, identificadas como áreas de propiedad de Ecopetrol destinadas en parte o completamente a la conservación de la biodiversidad y oferta de servicios ecosistémicos, sin limitar su vocación productiva. |
The personnel involved in the project:
Sampling Methods
En el Magdalena medio se muestrearon 12 puntos y en el Casanare 9 puntos. En cada punto de muestreo se tomaron 3 réplicas en un transecto de 20 m y recogieron muestras de agua, suelo y sedimento.
| Study Extent | Dentro de la región del Magdalena medio en el municipio de Barrancabermeja y en Aguazul en el departamento de Casanare dentro del Piedemonte Llanero. |
|---|---|
| Quality Control | Todas las muestras y procedimientos para el aislamiento y caracterización se realizaron bajo un modelo de investigación por triplicado. Además, para cada paso se aplicaron blancos o pruebas sin tratamientos para corroborar la inocuidad y éxito metodológico en campo y dentro del laboratorio. |
Method step description:
- 1. Toma de las muestras en campo: Manteniendo condiciones de esterilidad se tomaron muestras de agua suelo y sedimento en cada uno de los puntos de muestreo. Las muestra colectadas fueron transportadas en cadena de frío hasta su procesamiento en el laboratorio. 2. Procesamiento de las muestras ambientales: 2.1. Aislamiento de bacterias: 2.1.1. Suelo y sedimento: Dilución y siembra en placa: Una muestra de suelo o sedimento (según corresponda), se suspendió en agua estéril y se procedió a diluir en una proporción de 1/10. Las diluciones 10e-1, 10e-3 y 10-5 se inocularon en cajas de agar R2A (0.5x). 3. Purificación de los aislamientos en cultivos axénicos: Siguiendo las recomendaciones básicas de bioseguridad en laboratorios de microbiología, las bacterias aisladas fueron aisladas de forma individual posterior a la confirmación de las características de colonia y celular. Se usaron medios generales de cultivo (R2A y TSB) y medios basales enriquecidos con crudo al 1%, para el aislamiento y caracterización de bacterias con potencial hidrocarbonoclasta. 4. Una vez se logró la corroboración de las características fenotípicas se procedió a los análisis moleculares para todos los aislamientos. La caracterización molecular para las bacterias se realizó a través de: la extracción de ADN ; amplificación del gen ribosomal 16s; la secuenciación por el método Sanger y la identificación taxonómica con Silva.
Collection Data
| Collection Name | Colección de recursos biológicos Universidad EAFIT |
|---|---|
| Collection Identifier | 227 |
| Parent Collection Identifier | EAFIT |
| Specimen preservation methods | Deep frozen |
|---|
Additional Metadata
| Purpose | Aunar esfuerzos técnicos, administrativos y financieros entre el Instituto Alexander von Humboldt y la Universidad de los Andes para caracterizar la diversidad funcional de hongos y realizar la caracterización taxonómica y genética de hongos cultivables de las muestras ambientales, definidas por el supervisor del convenio por parte del Instituto, en el marco del Convenio No. 19-155 suscrito entre el Instituto Alexander von Humboldt y Ecopetrol S.A. |
|---|---|
| Alternative Identifiers | http://i2d.humboldt.org.co/resource?r=microrganismos_piedemontemagdalena_2022 |